Không có thuốc điều trị đặc hiệu, nhưng viêm não Nhật Bản hoàn toàn có thể được phòng ngừa bằng vắc-xin. Tiêm đủ mũi, tiêm nhắc đúng lịch không chỉ bảo vệ trẻ khỏi nguy cơ tử vong và tàn phế, mà còn góp phần xây dựng lá chắn miễn dịch cho cộng đồng.