Cục Hải quan vừa ban hành công văn hỏa tốc gửi các chi cục hải quan khu vực, yêu cầu triển khai thống nhất việc xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định tại khoản 61 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC, có hiệu lực từ 1/2/2026. Động thái này nhằm kịp thời tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện các thủ tục liên quan đến xuất nhập khẩu.

Theo hướng dẫn của Cục Hải quan, khi có nhu cầu xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế, bao gồm tiền thuế, tiền chậm nộp và các khoản đã nộp hoặc còn phải nộp vào ngân sách nhà nước, người nộp thuế hoặc cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền phải gửi văn bản đề nghị theo mẫu quy định. Hồ sơ được tiếp nhận thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc bằng văn bản giấy trong trường hợp cần thiết.

Hoạt động nghiệp vụ hải quan. Ảnh: Văn Tá.

Cục Hải quan nêu rõ, trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, chi cục hải quan khu vực hoặc đơn vị hải quan được giao nhiệm vụ phải thực hiện kiểm tra, xác nhận tình trạng thực hiện nghĩa vụ nộp thuế và thông báo kết quả cho người nộp thuế hoặc cơ quan đề nghị.

Đáng chú ý, văn bản xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế chỉ có giá trị sau 3 ngày làm việc kể từ ngày ký. Khoảng thời gian này nhằm tạo điều kiện để cơ quan hải quan rà soát, đối chiếu tình trạng nợ thuế trên hệ thống kế toán thuế tập trung, bảo đảm tính chính xác trước khi doanh nghiệp thực hiện các thủ tục tiếp theo như giải thể, quyết toán hoặc chấm dứt hoạt động.

Trường hợp phát sinh chênh lệch hoặc còn khoản nợ thuế chưa được phản ánh đầy đủ trên hệ thống, chi cục hải quan nơi thực hiện xác nhận có trách nhiệm phối hợp rà soát, cập nhật và chịu trách nhiệm về tính chính xác của các khoản nợ của doanh nghiệp tại đơn vị mình.

Theo Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, việc ban hành hướng dẫn kịp thời, thống nhất cách thực hiện trong toàn Ngành không chỉ tạo thuận lợi cho doanh nghiệp mà còn góp phần tăng cường kỷ cương, kỷ luật trong công tác quản lý và xử lý nợ thuế xuất nhập khẩu.

Song song với đó, để giải đáp các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025, Cục Hải quan đã tổng hợp ý kiến phản ánh từ cộng đồng doanh nghiệp và các chi cục hải quan khu vực, đồng thời ban hành văn bản hướng dẫn xử lý cụ thể theo bảng tổng hợp kèm theo.

Cục Hải quan yêu cầu các chi cục hải quan khu vực nghiên cứu kỹ nội dung hướng dẫn, tổ chức triển khai thực hiện đúng quy định, đồng thời công khai thông tin để cộng đồng doanh nghiệp biết và thực hiện thống nhất. Việc chủ động hướng dẫn, minh bạch thông tin được xác định là giải pháp quan trọng nhằm bảo đảm Thông tư số 121/2025/TT-BTC được áp dụng đồng bộ, thông suốt, hạn chế cách hiểu khác nhau trong thực tiễn.

Thông tư số 121/2025/TT-BTC, có hiệu lực từ 1/2/2026, không chỉ sửa đổi, bổ sung một số quy định kỹ thuật tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC và Thông tư số 39/2018/TT-BTC, mà còn thể hiện bước chuyển quan trọng trong tư duy quản trị hải quan theo hướng hiện đại, lấy dữ liệu số và mức độ tuân thủ của doanh nghiệp làm nền tảng.

Trọng tâm của Thông tư là tái thiết kế các chỉ tiêu thông tin trên Mẫu số 01 - Tờ khai nhập khẩu điện tử, hướng tới chuẩn hóa và cấu trúc hóa dữ liệu ngay từ khâu khai báo. Việc thay đổi này không đơn thuần là điều chỉnh hình thức mà nhằm hệ thống hóa các nghiệp vụ đặc thù, khắc phục những khoảng trống thông tin từng gây khó khăn cho công tác quản lý nhà nước.

Cách tiếp cận mới dựa trên nguyên tắc dữ liệu càng đầy đủ, rủi ro ở khâu thông quan càng thấp. Việc bổ sung các chỉ tiêu như mã và tên người xuất nhập khẩu đối với loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ, hay thông tin chi tiết đối với hàng hóa chờ kết quả phân tích, phân loại cho thấy xu hướng quản lý xuyên suốt theo dòng hàng và đối tượng trên cùng một hệ thống số.

Bên cạnh đó, việc cập nhật Incoterms® 2020, đặc biệt là quy tắc DPU, vào tổng trị giá hóa đơn giúp đồng bộ chuẩn mực thương mại quốc tế với hệ thống quản trị trong nước, hạn chế sai lệch trong xác định trị giá tính thuế.

Thông tư số 121/2025/TT-BTC cũng đặt ra các bộ lọc dữ liệu chặt chẽ ngay từ khâu tiếp nhận thông tin. Doanh nghiệp phải chi tiết hóa khai trị giá trong tham vấn gián tiếp, mô tả đầy đủ hơn đối với hàng hóa đặt gia công ở nước ngoài. Thay vì bị động giải trình khi phát sinh nghi vấn, doanh nghiệp được chủ động cung cấp dữ liệu theo các chỉ tiêu đã số hóa, từng bước hình thành hồ sơ tuân thủ số minh bạch, nhất quán.

Khi dữ liệu được chuẩn hóa, các doanh nghiệp tuân thủ tốt sẽ thuận lợi hơn trong thông quan qua luồng Xanh hoặc luồng Vàng, giảm sự can thiệp trực tiếp của công chức hải quan, qua đó hạn chế rủi ro tiêu cực và chi phí không chính thức trong quá trình làm thủ tục, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về hải quan.