Ông Nguyễn Phú Cường đảm nhận chức Chủ tịch Vinachem trong bối cảnh Tập đoàn này có nhiều khó khăn với 5 dự án lọt nhóm thua lỗ nghìn tỷ. Đó là Dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình, Nhà máy Đạm Hà Bắc, Dự án DAP 1 Lào Cai, Dự án DAP 2 Hải Phòng và Dự án mỏ muối Kali ở Lào.

Người tiền nhiệm của ông Cường là ông Nguyễn Anh Dũng đã bị Ban Bí thư ra quyết định cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng, bao gồm cách chức Ủy viên BCH Đảng bộ Khối Doanh nghiệp Trung ương, Ủy viên BCH Đảng bộ Tập đoàn Hoá chất Việt Nam, Bí thư Đảng ủy Tập đoàn Hoá chất Việt Nam.

Theo quyết định của Ban Bí thư, ông Dũng phải chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn Hoá chất Việt Nam nhiệm kỳ 2010-2015.

Ban Bí thư cho rằng với trách nhiệm là người đứng đầu, ông Dũng đã thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra những “vi phạm, khuyết điểm trong công tác cán bộ”.Ngoài ra, ông Dũng còn phải chịu trách nhiệm trong việc quản lý vốn, tài sản, đất đai và đầu tư của Tập đoàn, gây hậu quả rất nghiêm trọng; để Tập đoàn và một số công ty không bảo toàn được vốn Nhà nước giao.

Đồng thời, thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra vi phạm nghiêm trọng trong quá trình thực hiện 4 dự án trọng điểm: Dự án Nhà máy sản xuất phân đạm Ninh Bình; Dự án cải tạo, mở rộng Nhà máy Phân đạm Hà Bắc; Dự án sản xuất phân bón DAP số 2 tại Lào Cai; Dự án sản xuất phân bón DAP Hải Phòng.

Ông Nguyễn Phú Cường đã đước bổ nhiệm làm Vụ trưởng Vụ Khoa học Công nghệ từ ngày 20/11/2014. Ông cũng đã hoàn thành luận án tiến sĩ trong nước chuyên ngành vi sinh vật học kỹ thuật.