Vào ngày 21/4/2017, Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang, địa chỉ tại thôn Đắc Ôốc, xã La Dêê, huyện Nam Giang, tỉnh Quảng Nam đăng ký tờ khai số 101368983925/A12 tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà để nhập khẩu kinh doanh mặt hàng đường mía.

Lô hàng khối lượng 120 tấn, đơn giá khai báo 500 USD/tấn, trị giá lô hàng là 60.000 USD. Lô hàng có xuất xứ từ Lào (có C/O form S) được doanh nghiệp khai báo mã số HS 1701.14.00 với thuế xuất nhập khẩu 2,5% (ưu đãi giảm 50% thuế suất thuế nhập khẩu ATIGA theo phụ lục I Nghị định 124/2016/NĐ-CP) và thuế giá trị gia tăng 5%. Tổng số tiền thuế theo doanh nghiệp khai báo là 103,5 triệu đồng.

Sau khi kiểm tra thực tế lô hàng vào ngày 24/4/2017, cơ quan hải quan đã nhận thấy có vướng mắc về chính sách thuế đối với mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào do chưa quy định rõ mức thuế áp dụng trong hạn ngạch hay ngoài hạn ngạch thuế quan tại Nghị định số 124/2016/NĐ-CP nên đã có công văn hỏa tốc đề nghị Tổng cục Hải quan hướng dẫn.

Trong khi chờ hướng dẫn của cấp có thẩm quyền, cơ quan hải quan đề nghị doanh nghiệp tạm thời thực hiện khai bổ sung mức thuế suất ngoài hạn ngạch 80% đối với mặt hàng đường để thông quan theo quy định.

Số tiền thuế theo tính toán mức thuế suất nhập khẩu là 80% và giá tính thuế khai báo là 520 USD/tấn được xác định là 1,257 tỷ đồng, cao hơn 1,149 tỷ đồng so với mức thuế 2,5% mà doanh nghiệp đề nghị.

Tuy nhiên Công ty không đồng ý khai bổ sung mức thuế 80% do đang gặp khó khăn về tài chính và kiến nghị được tạm giải phóng hàng mới mức thuế suất 2,5% và cam kết sẽ thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế sau khi có ý kiến chính thức của Bộ Tài chính.

Đối chiếu với quy định hiện hành, Chi cục chưa đủ cơ sở để giải phóng hàng đồng thời tiếp tục hướng dẫn Công ty thực hiện nộp thuế hoặc có bảo lãnh của tổ chức tín dụng để bảo lãnh số tiền thuế với mức thuế suất ngoài hạn ngạch (80%).

Ngày 22/5/2017, Bộ Tài chính có công văn số 6579/BTC-CST gửi Bộ Công thương xin ý kiến, theo đó lượng đường mà Công ty đã nhập khẩu được xác định là lượng đường nhập khẩu ngoại hạn ngạch thuế quan và áp dụng mức thuế suất ngoài hạn ngạch là 80%.

Bộ Công thương vào ngày 30/5/2017, có công văn số 4724/BCT-XNK, đồng ý với đề xuất của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn thuế nhập khẩu đường có xuất xứ từ Lào đối với trường hợp Công ty TNHH Thương Mại Hoàng Nam Giang tại công văn số 6579/BTC-CST.

Ngày 7/6/2017, Bộ Tài chính có công văn số 7486/BTC-CST hướng dẫn Công ty “tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu số 101368983924 ngày 21/4/2017, Công ty TNHH Hoàng Nam Giang không xuất trình được văn bản thông báo giao quyền sử dụng hạn ngạch thuế quan nhập khẩu đường của Bộ Công Thương với Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà, vì vậy, Công ty thực hiện nộp thuế theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch trước khi thông quan hàng hóa (mức thuế suất thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch 80% đối với đường thô; 85%, 100% đối với đường tinh theo quy định tại Nghị định số 122/2016/NĐ-CP)”.

Hiện tại Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang đã khởi kiện Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà liên quan đến việc ra Quyết định ấn định thuế đối với vụ việc nhập khẩu 120 tấn đường từ Lào tại Tòa án Nhân dân tỉnh Quảng Nam.

Ở một khía cạnh khác, việc chậm trễ phân giao hạn ngạch nhập khẩu đường 2017, trong đó có mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào về Việt Nam do Bộ Công thương đảm nhiệm cũng góp phần khiến sự việc trở nên phức tạp.