Việc không được cấp đủ vốn điều lệ đã khiến VEC không được hoàn thuế VAT cho các đơn vị thi công.

Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp vừa ký Quyết định số 235/QĐ – UBQLV điều chỉnh mức vốn điều lệ của Công ty mẹ - Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam.

Theo đó, vốn điều lệ của Công ty mẹ - Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam sẽ được điều chỉnh từ 1.018,793 tỷ đồng theo Quyết định số 1666/QĐ – BGTVT ngà 6/6/2016 về việc phê duyệt vốn điều lệ VEC của Bộ GTVT xuống còn 978,7 tỷ đồng.

Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp giao HĐTV VEC chỉ đạo thực hiện các trình tự, thủ tục điều chỉnh vốn điều lệ và hoàn trả về ngân sách số tiền đã cấp cho VEC nhưng không đủ thủ tục bổ sung vốn điều lệ theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và quy định của pháp luật.

Được biết, Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (tiền thân của VEC) được thành lập năm 2004 với số vốn điều lệ 1.000 tỷ đồng, gồm 50 tỷ đồng do ngân sách nhà nước cấp và nguồn bán quyền thu phí tại 2 trạm thu phí trên Quốc lộ 1 là Cầu Giẽ và Phù Đổng. Vào tháng 6/2010, Bộ GTVT đã quyết định chuyển đổi Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam thành Công ty mẹ - Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam với số vốn điều lệ 1.018,7 tỷ đồng.

Tính đến đầu tháng 1/2017, ngân sách Nhà nước đã thực cấp vốn điều lệ cho VEC là 1.000,187 tỷ đồng nhưng Bộ Tài chính mới chỉ thực hiện ghi thu, ghi chi cấp vốn số tiền là 978,7 tỷ đồng. Điều này dẫn tới việc vốn điều lệ VEC bị thiếu 21,476 tỷ đồng so với đăng ký.

Thực hiện quy định của Luật quản lý thuế về việc hoàn thuế GTGT đầu vào đối với Dự án đầu tư, từ ngày 1/7/2016 đến năm 2017, Cục Thuế TP Hà Nội đã thực hiện hoàn thuế GTGT cho VEC 9 đợt, tổng số tiền hoàn thuế GTGT là gần 950 tỷ đồng  theo hình thức hoàn thuế trước kiểm tra sau. Trong quá trình thanh tra sau hoàn thuế GTGT đối với VEC, Cục Thuế TP Hà Nội đã phát hiện VEC không đáp ứng đủ điều kiện để được hoàn thuế GTGT đối với Dự án đầu tư (Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/6/2016 của Bộ tài chính quy định: “Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đăng ký thì không được hoàn thuế”).

Vì lẽ đó, căn cứ quy định của Luật quản lý thuế và kết quả thanh tra sau hoàn thuế, Cục Thuế TP Hà Nội đã ban hành quyết định số 14022/QĐ-CT-TTr4 ngày 03/04/2018 và quyết định số 14356/QĐ-CT-TTr2 ngày 04/04/2018 thu hồi tiền hoàn thuế GTGT đối với VEC, số tiền gần 950 tỷ đồng đã hoàn cho VEC trước đó, tiền chậm nộp phải nộp 83,5 tỷ đồng, tổng số thuế phải thu hồi và tiền chậm nộp 1.033,2 tỷ đồng.

Ngày 28/5/2019, Cục Thuế TP Hà Nội đã ban hành 5 (năm) quyết định gồm: 39099/QĐ-CT-QLN, 39102/QĐ-CT-QLN, 39105/QĐ-CT-QLN, 39108/QĐ-CT-QLN, 39111/QĐ-CT-QLN, thực hiện cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế bằng biện pháp trích tiền từ tài khoản của VEC tại 5 ngân hàng thương mại, thời gian cưỡng chế từ ngày 4/6/2019 đến hết ngày 3/7/2019 (30 ngày), số tiền cưỡng chế ghi trong các Quyết định nêu trên là 1.033,2 tỷ đồng.

Cần phải nói thêm, hiện nay, các khoản vay ODA của Bộ Tài chính cho các dự án đường cao tốc do VEC làm chủ đầu tư không có thuế VAT, trong khi các hiệp định, cam kết giữa Việt Nam với các nhà tài trợ, thì phần thuế trả cho nhà đầu được Nhà nước bố trí từ vốn đối ứng. Các khoản thuế được hoàn và chưa được hoàn từ ngày 1/1/2016 đến nay, VEC đều đã phải thanh toán cho các nhà thầu để thi công dự án đúng tiến độ và đảm bảo không có khiếu kiện từ các nhà thầu theo điều khoản hợp đồng.