Các trạm thu phí sẽ được bố trí trên dọc tuyến đường có tổng chiều dài 29km gồm một trạm trên đường cao tốc tại Km188+300; 2 trạm nằm trên đường nhánh tại các nút giao Thường Tín, Vạn Điểm; một trạm nằm trên đường nhánh đi QL1 cũ và trạm dùng chung với Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) tại Km212+200 trên tuyến cao tốc Cầu Giẽ -Ninh Bình.

Những hình ảnh đầu tiên trong ngày thu phí đường cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ:

Dự án đầu tư nâng cấp tuyến đường Pháp Vân-Cầu Giẽ theo hình thức BOT có tổng chiều dài khoảng 29km, vốn đầu tư là 6.731 tỉ đồng. Bắt đầu từ 0h ngày 6/10 tuyến đường Pháp Vân-Cầu Giẽ chính thức thu phí với mức phí từ 10.000 đ đến 180.000 đ. Anh Trần Văn Núi - lái xe đường dài cho biết: "Mức phí tuyến đường Pháp Vân-Cầu Giẽ bằng với cao tốc Hà Nội – Hải Phòng nhưng chạy xe trên đường Hà Nội – Hải Phòng thích hơn vì đường đẹp và rất rộng". Giai đoạn 1 Dự án cao tốc được khởi công từ ngày 29/9/2014 và hoàn thành vào 30/6/2015. Tổng mức đầu tư là 1.974 tỷ đồng, bao gồm cải tạo, nâng cấp yếu tố bình đồ và mặt cắt dọc, kết cấu mặt đường chính tuyến đáp ứng tiêu chuẩn đường cao tốc 4 làn xe cơ giới, tận dụng đường hiện tại với bề rộng nền đường 25,0m. Giai đoạn 2, mức đầu tư là 4.757 tỷ đồng, mở rộng thêm 2 làn, xây dựng mở rộng hoàn chỉnh đường cao tốc thành 6 làn xe cơ giới, bề rộng nền đường 33,5m, xây dựng đường gom song hành hai bên với quy mô đường cấp 4 đồng bằng. Đội thu phí hơn 300 người trong đó, các nhân viên thu phí, nhân viên hỗ trợ phân luồng đảm bảo giao thông được phân chia và tổ chức làm việc theo ca, đảm bảo công tác thu phí được thực hiện 24/24 giờ và toàn bộ 7 ngày trong tuần (kể cả thứ Bảy, Chủ nhật, các ngày lễ, Tết) Trong thời gian đầu thu phí, khi chưa hoàn thiện nhà điều hành, Công ty cổ phần BOT Pháp Vân-Cầu Giẽ sử dụng vé giấy in sẵn để sử dụng vào việc thu phí. Đường cao tốc Pháp Vân-Cầu Giẽ áp dụng hình thứ thu phí kín, các phương tiện đi vào đường cao tốc phải lấy thẻ (hoặc vé) tại trạm thu phí để xác nhận vị trí bắt đầu sử dụng đường cao tốc. Căn cứ các thẻ (hoặc vé) này tại vị trí trạm thu phí khi ra khỏi đường cao tốc, chủ phương tiện sẽ phải nộp thẻ đầu vào và phí sử dụng đường cao tốc. Số tiền phải nộp tùy thuộc vào từng loại phương tiện, quãng đường thực tế xe chạy qua (km) và đơn giá tương ứng với từng loại phương tiện. Những giờ đầu thu phí, một số chủ phương tiện dừng lại để hỏi thêm thông tin về mức tiền, thời gian thu đều được nhân viên tư vấn kỹ, giải đáp đầy đủ  Cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ có thời gian thu phí hơn 17 năm, với đơn giá 1.500 đồng/km (tính cho loại xe tiêu chuẩn, dưới 12 chỗ ngồi). Mức phí sẽ từ 10.000-180.000 đồng/vé/lượt, tùy theo đoạn tuyến và theo loại phương tiện.