Trong số này, vụ án xảy ra tại Công ty TNHH Thương mại - Vận tải và Du lịch Xuyên Việt Oil được đánh giá là đặc biệt nghiêm trọng, bởi việc cấp phép, gia hạn giấy phép trái quy định cho doanh nghiệp này là tiền đề để thực hiện các hành vi phạm tội tiếp theo, gây thất thoát ngân sách nhà nước hàng ngàn tỷ đồng.

Cơ quan điều tra xác định, để được cấp giấy phép xuất nhập khẩu xăng dầu, mặc dù không đủ điều kiện, nhưng Mai Thị Hồng Hạnh, Chủ tịch HĐQT, kiêm Tổng giám đốc Xuyên Việt Oil đã “bắt tay” với Nguyễn Lộc An - Phó vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước (Bộ Công thương).

Để doanh nghiệp được cấp phép trong khi chưa đủ điều kiện,  An đã đưa ra giá từ 5 đến 7 tỷ đồng, đồng thời yêu cầu doanh nghiệp phải hợp thức hóa các điều kiện cấp phép còn thiếu, sau đó nộp hồ sơ đề nghị cấp phép để mình xử lý.

Sau khi được “tạo điều kiện” cấp giấy phép trái quy định, Nguyễn Lộc An cũng nhiều lần nhận hối lộ tiền, quà có giá trị từ Mai Thị Hồng Hạnh.

Hậu quả sau đó, Mai Thị Hồng Hạnh và Công ty Xuyên Việt Oil đã “rút ruột” 219 tỷ đồng từ Quỹ Bình ổn giá xăng dầu và chiếm dụng, gây thất thoát hơn 1.244 tỷ đồng tiền thuế bảo vệ môi trường (thuế thu hộ Nhà nước, dựa trên số lượng xăng dầu thực tế bán ra).

Một vụ án khác cũng liên quan tới Nguyễn Lộc An là việc cấp phép kinh doanh xăng dầu cho Công ty cổ phần Thương mại - Tư vấn đầu tư xây dựng Bách Khoa Việt (Công ty Bách Khoa Việt) và Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Long Hưng (Công ty Long Hưng).

Theo đó, dù biết rõ không đủ điều kiện để được cấp phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu, nhưng An đã chủ động gợi ý chi hàng chục tỷ đồng để các doanh nghiệp được “tạo điều kiện” cấp phép sai quy định.

Hồ sơ vụ án thể hiện, cuối năm 2012, bà Trần Thị Loan Phương, Chủ tịch HĐQT Công ty Bách Khoa Việt nhờ Nguyễn Lộc An giúp đỡ để được kinh doanh xăng dầu.

Sau khi đặt vấn đề, bà Phương được An hướng dẫn thuê cây xăng có sẵn để kinh doanh nhỏ lẻ trước. Sau đó, đầu năm 2015, Công ty Bách Khoa Việt làm văn bản đề nghị Bộ Công thương cấp giấy phép thương nhân phân phối xăng dầu.

Chỉ 1 tháng sau khi Bộ Công thương có văn bản giao Nguyễn Lộc An làm Trưởng đoàn kiểm tra điều kiện cấp giấy phép, Công ty Bách Khoa Việt đã được cấp Giấy xác nhận đủ điều kiện làm thương nhân phân phối xăng dầu.

Tiếp đó, để được làm thương nhân đầu mối kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu, tháng 8/2015, bà Phương tiếp tục nhờ Nguyễn Lộc An giúp đỡ và được “gợi ý” chi 9 tỷ đồng.

Sau khi chuyển đủ tiền cho Nguyễn Lộc An, tháng 4/2016, Công ty Bách Khoa Việt có văn bản và hồ sơ gửi Bộ Công thương để đề nghị cấp phép trên. Nhận được hồ sơ, do doanh nghiệp này chưa đáp ứng được các điều kiện về kho xăng dầu; cầu cảng chuyên dụng; phương tiện vận tải; hệ thống tổng đại lý, đại lý bán lẻ… nên An đã ký văn bản trả lời “chưa chấp thuận cấp phép”.

Tuy nhiên, đây chỉ là “thủ thuật” của vị cựu Phó vụ trưởng này, bởi ngay sau đó, An đã chủ động hướng dẫn bà Phương hợp thức đủ các điều kiện để được cấp phép.

Thực hiện theo hướng dẫn của Nguyễn Lộc An, Công ty Bách Khoa Việt đã liên hệ các cửa hàng, đại lý ký hợp đồng để hợp thức hệ thống đại lý; ký hợp đồng với Công ty cổ phần Thương mại Hiệp Phước để thuê bồn chứa và hệ thống cầu cảng.

Sau khi tiếp tục được Bộ Công thương giao làm Trưởng đoàn kiểm tra, Nguyễn Lộc An đã chỉ đạo các thành viên không kiểm tra hết toàn bộ hệ thống cửa hàng, đại lý; không kiểm tra thực tế tại kho tiếp nhận xăng dầu và cầu cảng và “chốt” biên bản là doanh nghiệp này đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định.

Căn cứ vào hồ sơ và đề nghị của Vụ Thị trường trong nước, tháng 6/2016, lãnh đạo Bộ Công thương đã ký cấp Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu cho Công ty Bách Khoa Việt.

Cơ quan điều tra cũng xác định, Nguyễn Lộc An còn nhận 5 tỷ đồng để đề xuất cấp giấy phép trái quy định cho Công ty Long Hưng, khi doanh nghiệp này không đủ điều kiện.

Cụ thể, do chỉ là thương nhân phân phối xăng dầu, để chủ động trong việc nhập khẩu, Nguyễn Tuấn Quỳnh, Chủ tịch Hội đồng Thành viên công ty này đã liên hệ, nhờ Nguyễn Lộc An giúp xin giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu và được hướng dẫn hợp thức để hoàn thiện hồ sơ.

Với thủ đoạn tương tự trước đó, khi được giao làm Trưởng đoàn kiểm tra, Nguyễn Lộc An đã chỉ đạo các thành viên chỉ kiểm tra hồ sơ và xác suất một số cửa hàng, đại lý của Công ty Long Hưng, sau đó đề xuất và được lãnh đạo Bộ Công thương ký duyệt cấp phép.