Thuế bình quân gia quyền được xem là giải pháp tình thế của Bộ Tài chính trong bối cảnh tồn tại song song các mức thuế khác nhau với cùng một mặt hàng xăng dầu từ khu vực ASEAN là 10% và từ các thị trường áp dụng thuế nhập khẩu ưu đãi thông thường là 20%.

Năm 2015 và 5 kỳ điều hành đầu tiên năm 2016, liên bộ Công thương - Tài chính đã áp dụng thuế MFN trong điều hành và được Kiểm toán nhà nước cho là không phù hợp với thực tế phát sinh tại các đầu mối nhập khẩu, dẫn tới giá cơ sở tăng lên, tạo nên một khoản thặng dư lớn cho các đơn vị đầu mối. Nhờ cách áo dụng thuế này mà 10 thương nhân đầu mối đã hưởng lợi hơn 3.300 tỉ đồng.

Trong năm 2016, từ kỳ điều hành ngày 21/3/2016, giá cơ sở được áp dụng thuế bình quân gia quyền, tuy có hợp lý hơn, nhưng vẫn không giải quyết được tận gốc vấn đề. Bởi vậy, 10 thương nhân đầu mối được kiểm toán vẫn hưởng lợi hơn 1.400 tỉ đồng trong năm 2016.

Cụ thể, doanh nghiệp hưởng thuế ATIGA sẽ được lợi từ 5 - 25% đối với dầu DO năm 2015; 0,6 - 10% đối với dầu DO năm 2016, cao hơn 5,74 - 10% đối với xăng.

Với các phương pháp tính như Bộ Tài chính đưa ra, giá cơ sở thực tế tại doanh nghiệp thấp hơn giá cơ sở do liên bộ điều hành gần 3.000 tỷ đồng.

Còn nhớ trước đó, năm 2015, tổng lợi nhuận trước thuế của Petrolimex đã có sự tăng mạnh, đạt tới 3.766 tỷ đồng, gấp hơn 10 lần so với con số 321 tỷ đồng trong năm 2014. Trong tổng mức lợi nhuận trên, lợi nhuận trước thuế từ hoạt động kinh doanh xăng dầu của toàn Tập đoàn là 1.989 tỷ đồng. Lý giải nguyên nhân lãi tăng mạnh, đại diện Petrolimex cũng cho biết khá ngắn gọn là do “phương thức tính giá mua xăng dầu nhập khẩu đã phù hợp hơn với diễn biến thị trường”.

Tới năm 2016, Tổng lợi nhuận hợp nhất trước thuế của Petrolimex tiếp tục tăng cao, đạt  6.300 tỷ đồng. Trong đó lợi nhuận trước thuế của hoạt động kinh doanh xăng dầu của toàn Petrolimex là 3.848 tỷ đồng.

KTNN cũng kết luận liên bộ Tài chính - Công thương xác định chưa chính xác về giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt, khiến chênh lệch thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế giá trị gia tăng tại 4 kỳ điều hành (trong tháng 7 và 8/2016) là hơn 216 tỉ đồng. Với việc tỷ giá tính thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng được cơ quan điều hành xác định chưa chính xác cũng dẫn đến tính thiếu 214 tỉ đồng qua 17 kỳ điều hành tại 10 DN đầu mối.

Đáng nói là tuy phát hiện ra chênh lệch tài chính khá lớn, tới hơn 4.800 tỉ đồng nhưng KTNN chỉ kiến nghị các đơn vị đầu mối được kiểm toán nộp vào ngân sách nhà nước số thuế và các khoản phải nộp tăng thêm là 252 tỉ đồng, cùng với điều chỉnh sổ sách kế toán theo kết quả kiểm toán.

KTNN cũng kiến nghị Bộ Công thương xem xét, trình cấp có thẩm quyền sửa đổi Nghị định 83/2014/NĐ-CP theo hướng điều chỉnh lại quy định về dự trữ xăng dầu bắt buộc; chỉ đạo tổ liên ngành điều hành quỹ bình ổn giá phát huy tối đa hiệu lực, hiệu quả của việc trích lập, chi quỹ, nghiên cứu quy định áp dụng quy mô quỹ ở mức nhất định, không kéo dài thời gian chi quỹ và mức chi ở mức cao dẫn đến giá thoát ly giá thị trường.