Dự án đầu tư xây dựng công trình Nâng cấp tuyến đường bộ nối hai tỉnh Phú Yên và Gia Lai, đoạn trên địa phận tỉnh Phú Yên (Dự án) đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép triển khai đầu tư theo hình thức Hợp đồng Xây dựng - Chuyển giao (BT) tại văn bản số 2490/TTg-KTN ngày 15/12/2009. Trên cơ sở đó, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã phê duyệt dự án đầu tư tại Quyết định số 2275/QĐ-UBND ngày 30/12/2011 và ký kết Hợp đồng BT số 01/2015/HĐ-BT ngày 19/6/2015 với Nhà đầu tư.

Trong quá trình triển khai, do khó khăn trong việc cân đối nguồn vốn ngân sách để thanh toán cho Nhà đầu tư, Thủ tướng Chính phủ đã yêu cầu Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên giãn tiến độ triển khai Dự án đến sau năm 2015 và không thực hiện theo hình thức BT.

Tại buổi làm việc với lãnh đạo tỉnh Phú Yên ngày 28/8/2016, Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến "Đây là công trình dở dang, Ủy ban nhân dân các tỉnh Phú Yên và Gia Lai rà soát quy mô, tổng mức đầu tư, phân kỳ đầu tư Dự án (đoạn qua địa phận mỗi tỉnh) phù hợp với khả năng nguồn vốn; trên cơ sở đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tổng hợp nhu cầu vốn của Dự án vào Danh mục dự án đầu tư bằng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2016 - 2020, theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bảo đảm đầu tư đồng bộ tuyến đường nối hai tỉnh Phú Yên - Gia Lai; trình Thủ tướng Chính phủ theo quy định".

Tiếp sau đó, tại buổi làm việc với lãnh đạo tỉnh Phú Yên ngày 13/02/2017, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các Bộ: Tài chính, Giao thông vận tải thành lập Tổ công tác làm việc với lãnh đạo tỉnh Phú Yên để xem xét lại tổng mức đầu tư, hiệu quả đầu tư của dự án và sự phù hợp với các quy định của pháp luật có liên quan để đề xuất, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 3 năm 2017.

Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ về Dự án, trên cơ sở ý kiến của các bộ, ngành liên quan, Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng đã có ý kiến tại văn bản số 79/TTg-CN ngày 19/9/2017 như sau:

"Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên chịu trách nhiệm toàn diện về các công việc đã triển khai đối với Dự án nâng cấp tuyến đường bộ nối hai tỉnh Phú Yên và Gia Lai đoạn qua tỉnh Phú Yên. Yêu cầu Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên xác định rõ trách nhiệm của các cá nhân, đơn vị liên quan trong việc thực hiện chưa đúng quy định và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

Đồng ý kiến nghị của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các Bộ tại các văn bản nêu trên về việc giao Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên lập Báo cáo nghiên cứu khả thi Dự án (giai đoạn 1), trình Bộ Giao thông vận tải chủ trì thẩm định các nội dung của Dự án theo đúng quy định (trong đó lưu ý ý kiến của các cơ quan liên quan về suất vốn đầu tư, tổng mức đầu tư). Trên cơ sở sự cần thiết đầu tư, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên cam kết cân đối đủ nguồn vốn thực hiện Dự án từ nguồn lực của Tỉnh và các nguồn vốn hợp pháp khác để quyết định việc triển khai Dự án theo đúng quy định của Luật đầu tư công và các quy định pháp luật hiện hành".

Đồng thời, tại cuộc họp về việc xử lý vướng mắc trong việc giao kế hoạch vốn đầu tư công trung hạn 2016 - 2020 (phần còn lại), trong đó đối với Dự án nâng cấp tuyến đường bộ nối hai tỉnh Phú Yên và Gia Lai đoạn qua tỉnh Phú Yên, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ đã kết luận: "UBND tỉnh Phú Yên khẩn trương tổ chức đánh giá, rà soát quy mô, tổng mức đầu tư, phân kỳ đầu tư phù hợp với khả năng cân đối vốn (ngoài số vốn trái phiếu Chính phủ đã dự kiến bố trí, Tỉnh chủ động cân đối thêm ngân sách địa phương và huy động các nguồn vốn hợp pháp khác để hoàn thành Dự án), gửi Bộ Giao thông vận tải để chủ trì thẩm tra theo quy định; nghiên cứu theo hướng cho phép áp dụng điều khoản chuyển tiếp của Nghị định số 15/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Chính phủ, báo cáo Thường trực Chính phủ trong tháng 5 năm 2018".

Bộ Giao thông vận tải đã có văn bản gửi Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên về kết quả rà soát, thẩm tra Dự án. Trên cơ sở đó, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả đánh giá, rà soát quy mô, tổng mức đầu tư, phân kỳ đầu tư Dự án.

Do việc triển khai Dự án còn có quan điểm khác nhau trong việc thực hiện theo hình thức Hợp đồng BT. Hiện nay, Thủ tướng Chính phủ đang xem xét giải quyết để bảo đảm thực hiện đúng quy định của pháp luật, trong đó sẽ xem xét đề nghị của Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên về việc áp dụng điều khoản chuyển tiếp của Nghị định số 15/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015.