Doanh nghiệp chuyên sản xuất hàng xuất khẩu, không tiêu thụ trong nước nên không phải nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt

Vướng do xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan

Việc phải tiếp tục xin ý kiến Thủ tướng Chính phủ, theo Bộ Tài chính là mặc dù Dự thảo Nghị định đã được Cơ quan chủ trì soạn thảo giải trình, tiếp thu ý kiến thành viên Chính phủ nhưng Cơ quan chủ trì soạn thảo tiếp tục nhận được kiến nghị phản ánh vướng mắc, bất cập của các doanh nghiệp, UBND cấp tỉnh liên quan đến điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất trong khu phi thuế quan.

Để tạo điều kiện cho doanh nghiệp chế xuất trong khu phi thuế quan, Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 134/2016/NĐ-CP (đã được gửi xin ý kiến các thành viên Chính phủ) đã bổ sung điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất trong khu phi thuế quan và áp dụng chính sách thuế ưu đãi (miễn thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng hàn nhập khẩu) đối với doanh nghiệp chế xuất. Theo các quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế thì để được cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp chế xuất và được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan thì doanh nghiệp phải được cơ quan hải quan xác nhận khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.

Tuy nhiên, theo Bộ Tài chính, pháp luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và pháp luật hải quan chưa có quy định về các điều kiện xác định là khu phi thuế quan cũng như thủ tục xác định về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra giám sát hải quan, dẫn đến cơ quan hải quan không có cơ sở để xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan cho các doanh nghiệp đang xin cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Chính vì vậy, UBND tỉnh Vĩnh Phúc, Đại sứ quán Nhật Bản, một số doanh nghiệp, hiệp hội doanh nghiệp đã có văn bản phản ánh vướng mắc trong thủ tục xin cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho doanh nghiệp chế xuất.

Bộ Tài chính cho biết, một số doanh nghiệp đã được cơ quan đăng ký đầu tư cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trong đó ghi rõ khi đáp ứng đủ điều kiện về doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật Việt Nam thì mới được công nhận là doanh nghiệp chế xuất hoặc được áp dụng cơ chế đối với khu chế xuất theo quy định của pháp luật. Vì các doanh nghiệp chưa được cơ quan hải quan xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan nên chưa được áp dụng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan.  

Do chưa được cơ quan hải quan xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan nên khi nhập khẩu hàng hoá trong giai đoạn xây dựng nhà máy, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng. Đồng thời, khi doanh nghiệp đã được cơ quan hải quan xác nhận là đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan thì các doanh nghiệp chế xuất này cũng không thuộc đối tượng được hoàn thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng đã nộp trong quá trình xây dựng dự án.

Sẽ hoàn thuế cho doanh nghiệp đã nộp

Để kịp thời tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp và tạo thuận lợi thu hút nguồn vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài, Bộ Tài chính đề nghị bỏ quy định về việc cơ quan hải quan phải có văn bản xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan. Theo đó, doanh nghiệp được hưởng chính sách thuế ưu đãi đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc được xác nhận bằng văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư quy định là doanh nghiệp chế xuất.

Xử lý đối với doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu do chưa được xác nhận là doanh nghiệp chế xuất nên không được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan, hiện Bộ Tài chính xây dựng 2 phương án xử lý. Theo phương án 1 là xử lý triệt để các vướng mắc đã phát sinh, Bộ Tài chính để xuất hoàn trả thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp được xác nhận là doanh nghiệp chế xuất sau khi bỏ quy định về việc cơ quan hải quan phải có văn bản xác nhận về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan để đảm bảo công bằng với các doanh nghiệp chế xuất khác đã được hưởng chính sách ưu đãi khu phi thuế quan ngay từ khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư.

Tuy nhiên, nếu thực hiện theo phương án này thì ngân sách nhà nước sẽ bị hụt thu do phải hoàn thuế. Vì vậy, phương án 2 cũng được Bộ Tài chính đề nghị là không hoàn trả số thuế doanh nghiệp đã nộp trong thời gian chưa được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan (trước ngày Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 134/2016 có hiệu lực).

Bộ trưởng Bộ Tài chính, ông Đinh Tiến Dũng cho biết, thực hiện theo phương án 2 chắc chắn sẽ gặp phản ứng, khiếu nại của nhiều doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu. Hiện nay Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc, Nhật Bản… đã kiến nghị lên Diễn đàn doanh nghiệp Việt Nam (VBF) và Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời phương án này chưa xử lý được hết các tồn tại đang phát sinh hiện nay nên có thể sẽ phải tiếp tục trình Thủ tướng Chính phủ để xem xét miễn thuế, hoàn thuế cho các doanh nghiệp đã được xác nhận là doanh nghiệp chế xuất nên Bộ Tài chính nghiêng về phương án một là xử lý dứt điểm tồn tại, vướng mắc đã phát sinh trước ngày Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 134/2016 có hiệu lực.