Theo điều tra ban đầu, trong khoảng thời gian đương chức, ông Lê Sáu được Sở Giao thông vận tải thành phố Đà Nẵng giao nhiệm vụ thực hiện công tác quản lý Nhà nước về lĩnh vực vận tải thủy nội địa trên địa bàn. Tuy nhiên, ông Sáu đã thiếu trách nhiệm, quản lý lỏng lẻo dẫn tới việc tàu du lịch Thảo Vân 2 dù không đủ điều kiện hoạt động chở khách, chở quá số người quy định vẫn được phép rời cảng. Hậu quả, tối 4/6, tàu Thảo Vân 2 bị chìm làm 3 người bị thiệt mạng, nhiều người khác bị thương, phải nhập viện điều trị.

Sau khi xảy ra vụ tai nạn, UBND thành phố Đà Nẵng đã họp kiểm điểm các cá nhân liên quan, đồng thời đình chỉ công tác đối với ông Lê Sáu và sau đó cơ quan chức năng ra quyết định khởi tố bị can.

Cùng liên quan vụ việc, trước đó, Văn phòng Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an thành phố Đà Nẵng đã khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với thuyền trưởng tàu Thảo Vân 2 Lê Công Chí về hành vi “vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy”; chủ tàu Võ Quốc Hùng (trú quận Hải Châu) và Nguyễn Ngọc Quân (nhân viên bán vé tàu) cũng bị khởi tố về hành vi “đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn”.