Việc tổ chức quản lý giao thông, trong quy hoạch cũng nêu rõ sẽ tăng cường hệ thống kiểm soát tín hiệu giao thông, cải thiện thông qua tại các nút giao, quản lý nhu cầu  giao thông, cải thiện thiết bị an toàn giao thông, cải thiện hệ thống kiểm soát đỗ xe, cải thiện điều kiện vận hành cho xe buýt, đổi mới chương trình giáo dục về ATGT... Bên cạnh đó, xây dựng hệ thống giao thông thông minh (ITS) cho Hà Nội gồm các hệ thống: dẫn đường, thu phí điện tử, trợ giúp lái xe an toàn, tối ưu hóa tổ chức và quản lý giao thông, tăng cường hiệu quả quản lý đường, trợ giúp cho giao thông công cộng, trợ giúp cho người đi bộ, trợ giúp cho những trường hợp khẩn cấp. Xây dựng các trung tâm quản lý và điều hành giao thông hiện đại, đồng bộ gồm: Trung tâm quản lý và điều hành giao thông công cộng; Trung tâm quản lý hệ thống đường cao tốc và các trục chính đô thị; Tung tâm quản lý và điều hành hệ thống đèn tín hiệu giao thông...