Liên quan đến  tổng mức đầu tư dự án BOT, Bộ GTVT cho rằng, theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ: "Tổng mức đầu tư xây dựng công trình (sau đây gọi tắt là tổng mức đầu tư) là chi phí dự tính của dự án, tổng mức đầu tư là cơ sở để chủ đầu tư lập kế hoạch và quản lý vốn khi thực hiện đầu tư xây dựng công trình".

Do vậy, giá trị tổng mức đầu tư không phản ánh đúng chi phí thực tế thực hiện công trình nên trong Hợp đồng BOT, Bộ GTVT và Nhóm công tác liên ngành (gồm có Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Địa phương liên quan) đã quy định sử dụng giá trị quyết toán phù hợp với các kết luận thanh tra, kiểm toán được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận là giá trị cuối cùng để xác định thời gian hoàn vốn cho dự án; đối với chi phí dự phòng khi sử dụng phải được Bộ GTVT chấp thuận; đối với lãi suất được cập nhật theo thực tế khi vượt quá một biên độ nhất định. Các điều khoản này nhằm đảm bảo quản lý chặt chẽ chi phí đầu tư xây dựng công trình và xác định chính xác thời gian thu phí hoàn vốn đầu tư.

Kết quả kiểm toán 12 dự án có tổng mức đầu tư là 65.172 tỷ đồng, trong đó sai số là dưới 1%, chi phí giảm này Nhà đầu tư không được hưởng và không dẫn đến thất thoát, lãng phí.

Đối với các dự án BOT thực hiện đến nay, Bộ GTVT luôn cập nhật kiểm soát và cơ bản chi phí thực tế đều giảm so với tổng mức đầu tư do một số nguyên nhân chủ yếu: tiến độ dự án được rút ngắn nên giảm bù giá vật liệu và giảm lãi vay trong thời gian xây dựng; chỉ số giá xây dựng và lãi suất vốn vay trong giai đoạn 2012-2015 đều giảm so với giai đoạn 2009-2011 nhờ chính sách điều hành kinh tế vĩ mô của Chính phủ hợp lý nên không sử dụng đến dự phòng trượt giá theo quy định; quy mô các dự án đầu tư được tư vấn lập và Bộ GTVT phê duyệt phù hợp với quy hoạch phát triển giao thông vận tải đường bộ Việt Nam và Quy hoạch đô thị các địa phương theo đúng quy định.

Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thực hiện, Bộ GTVT đã rà soát và thấy rằng các quy hoạch đô thị được địa phương phê duyệt có quy mô lớn hơn nhu cầu thực tế giai đoạn này. Để đảm bảo hiệu quả đầu tư của dự án nói riêng và của xã hội nói chung, Bộ GTVT đã chỉ đạo rà soát và điều chỉnh thu hẹp quy mô mặt cắt ngang các đoạn qua đô thị... dẫn đến giảm chi phí đầu tư.

Tất cả các hợp đồng BOT đều quy định, thời gian thu phí ban đầu chỉ là dự kiến và thời gian thu phí chính thức phải được xác định lại theo giá trị quyết toán công trình phù hợp với các kết luận thanh tra, kiểm toán. Đồng thời, thường xuyên được cập nhật khi có biến động về lãi suất, lưu lượng xe so với dự kiến ban đầu. Như vậy, thời gian thu phí không ảnh hưởng đến mức phí người dân phải trả mà phụ thuộc vào giá trị quyết toán và lưu lượng xe.

Nếu dự án đầu tư lập phù hợp, các yếu tố kinh tế vĩ mô ổn định và quản lý đầu tư tốt thì việc rút ngắn thời gian thu phí là tất yếu và đã được dự liệu trước phương án điều chỉnh trong hợp đồng BOT. Thực tế, một số dự án chưa được Kiểm toán nhà nước kiểm toán, Bộ GTVT căn cứ vào giá trị dự toán và đã đàm phán ký hợp đồng điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí như: Dự án QL10 đoạn La Uyên - Tân Đệ được điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí tạm tính ban đầu 21,33 năm xuống còn 10 năm 03 tháng; Dự án cầu Rạch Miễu, QL60, tỉnh Bến Tre được điều chỉnh rút ngắn thời gian thu phí tạm tính ban đầu 22 năm 10 tháng xuống còn 13 năm 5 tháng…

Để làm cơ sở quyết toán điều chỉnh hợp đồng, ngay từ ngày 28/4/2014, Bộ GTVT đã chủ động có văn bản số 4771/BGTVT-TC đề nghị Kiểm toán Nhà nước hỗ trợ kiểm toán tất cả các dự án BOT. Đến nay, Kiểm toán Nhà nước đã hoàn thành 27 dự án và đang tiếp tục kiểm toán các dự án trong thời gian tới.

Chỉ đạo các cơ quan tham mưu, thanh tra Bộ GTVT tiến hành thanh kiểm tra các dự án; phối hợp chặt chẽ với Thanh tra Chính phủ và Thanh tra các Bộ ngành trong quá trình thanh tra các dự án BOT. Bộ GTVT đã thành lập tổ công tác do một đồng chí Thứ trưởng chủ trì để trực tiếp chỉ đạo công tác quyết toán. Tuy nhiên, một số dự án chỉ quyết toán được một phần do các hướng dẫn về thực hiện công tác quyết toán các dự án BOT còn nhiều vướng mắc. Bộ GTVT đã trình Thủ tướng Chính phủ các cơ chế chính sách để tháo gỡ các khó khăn trong quá trình quyết toán các dự án BOT.