Các đối tượng chính trong vụ án, thời điểm bị bắt 

Cầm đầu đường dây này là Nguyễn Lại Ngọc Anh (SN 1979, trú ở phường Hàng Kênh, quận Lê Chân, Hải Phòng). Sau thời gian dài lập chuyên án đấu tranh, ngày 26-5-2015, CQĐT CATP Hải Phòng thực hiện lệnh khám xét khẩn cấp 2 địa điểm trên địa bàn quận Ngô Quyền, thu giữ 9 bộ dấu, hóa đơn GTGT của 9 công ty cùng nhiều tài liệu, công cụ, phương tiện các đối tượng sử dụng để thực hiện hành vi phạm tội.

Tiếp đó, từ ngày 3-6 đến 21-7-2015, CQĐT đã ra các quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can đối với Nguyễn Lại Ngọc Anh; Đoàn Thị Thu Trang (SN 1983, trú tại phường Máy Chai, quận Ngô Quyền); Nguyễn Thị Lý (SN 1989, trú tại phường Vạn Mỹ, quận Ngô Quyền); Đặng Thị Dơn (SN 1979, trú tại phường Trần Nguyên Hãn, quận Lê Chân) và Đặng Thị Thu (SN 1961, trú tại huyện An Dương) cùng về hành vi mua, bán trái phép hóa đơn GTGT. 

CQĐT cũng đã phong tỏa tài khoản của các công ty có liên quan đến vụ án với số tiền lên đến cả tỷ đồng. Kết quả điều tra xác định, từ năm 2007 đến khi bị bắt, Ngọc Anh đã thành lập và cùng các đối tượng khác thành lập, mua lại tổng cộng gần 20 công ty, nhưng không hoạt động gì mà chủ yếu mua bán trái phép hóa đơn GTGT, thu lợi bất chính. Cụ thể, Ngọc Anh thành lập và mua Công ty TNHH thương mại Phúc Việt, Công ty TNHH thương mại BP, Công ty TNHH đầu tư thương mại xây dựng vận tải Thành Sơn và Công ty TNHH đầu tư thương mại Quý Nhân. Tại 4 công ty này, Ngọc Anh đã thực hiện hành vi mua bán trái phép hóa đơn GTGT, thu lợi bất chính 829 triệu đồng. 

Cùng với đó, Ngọc Anh đã cùng Đặng Thị Dơn mua lại và thực hiện hành vi mua bán hóa đơn GTGT tại Công ty TNHH đầu tư thương mại và xây dựng Văn Ngọc, mỗi đối tượng thu lợi bất chính 122 triệu đồng. Một trợ thủ khác của Ngọc Anh là Hoàng Văn Mạnh (SN 1983, trú tại huyện An Dương) đã cùng đối tượng thành lập và mua lại 7 công ty, thực hiện hành vi mua bán trái phép hóa đơn GTGT. Qua đó, mỗi đối tượng thu lợi bất chính trên 500 triệu đồng. 

CQĐT làm rõ Ngọc Anh còn hợp tác với Đồng Xuân Tiến (SN 1949, trú tại huyện An Dương) thành lập và mua lại 4 công ty, thực hiện hành vi mua bán trái phép hóa đơn GTGT, qua đó mỗi đối tượng thu lợi bất chính gần 150 triệu đồng. Thời điểm trước ngày bị bắt, Ngọc Anh còn cùng với Đinh Văn Huấn (SN 1971, trú tại quận Ngô Quyền) thành lập và thực hiện hành vi mua bán trái phép hóa đơn GTGT tại Công ty TNHH thương mại vận tải thép Thanh Dũng, qua đó mỗi đối tượng thu lợi bất chính 24 triệu đồng.

Kết thúc điều tra, CQĐT xác định Nguyễn Lại Ngọc Anh đã bán trái phép hơn 6.200 hóa đơn GTGT, ghi khống tổng số tiền hàng hóa dịch vụ chưa thuế gần 1,4 nghìn tỷ đồng, thu lợi bất chính gần 1,7 tỷ đồng. Đặng Thị Dơn đã bán trái phép tổng số hơn 1.400 hóa đơn, ghi khống tổng số tiền hàng hóa dịch vụ chưa thuế là gần 114 tỷ đồng; mua trái phép 357 hóa đơn, ghi khống tổng số tiền hàng hóa dịch vụ chưa thuế là gần 114 tỷ đồng. 

Trong quá trình thực hiện hành vi phạm tội, Ngọc Anh thuê Đoàn Thị Thu Trang làm kế toán. Biết hành vi phạm tội của Ngọc Anh nhưng Trang vẫn tham gia tiếp tay, giúp sức cho Ngọc Anh thực hiện hành vi bán trái phép hơn 2.300 hóa đơn GTGT, ghi khống tổng số tiền hàng hóa dịch vụ chưa thuế gần 340 tỷ đồng. CQĐT xác định vai trò của Nguyễn Thị Lý và Đặng Thị Thu cũng là giúp sức cho Ngọc Anh viết, ghi khống hóa đơn GTGT.