Theo kết luận của Tổng cục thuế, trong quá trình thực hiện, GAS phát sinh một số nghiệp vụ chưa đúng dẫn đến phát sinh nghĩa vụ nộp thuế với tổng số tiền truy thu thuế phải nộp phát sinh thêm và các khoản xử lý hành chính theo quy định do chậm nộp gần 106 tỷ đồng.

Nguyên nhân đối với phần truy thu thuế là do có sự khác nhau trong cách hiểu các quy định về pháp luật thuế cũng như quan điểm về ghi nhận doanh thu, chi phí và thời điểm áp dụng thuế suất tính thuế thu nhập doanh nghiệp dẫn đến thanh tra đã tính toán lại và tăng số thuế phải nộp hơn 82,6 tỷ đồng.

Trong đó bao gồm kê khai và nộp thiếu thuế giá trị gia tăng gần 1,4 tỷ đồng; tính thiếu thuế nhà thầu nước ngoài gần 345 triệu đồng; thiếu thuế thu nhập cá nhân hơn 510 triệu đồng và gần 80,4 tỷ đồng tính thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Đối với phần xử lý vi phạm hành chính về thuế, tính từ số tiền thu thuế phải nộp tăng thêm, số tiền phạt hành chính và lãi chậm nộp hơn 23,3 tỷ đồng.

Về giải pháp trong thời gian tới, GAS cho biết  sẽ tiến hành rà soát lại các văn bản, chuẩn mực chế độ kế toán hiện hành để đảm bảo việc hạch toán, ghi nhận chi phí đúng kỳ, đúng chế độ.