Theo Quyết định, Chương trình nhằm kiểm soát hiệu quả bệnh lở mồm long móng trên địa bàn cả nước và ngăn chặn sự xâm nhập của các chủng virus lở mồm long móng mới từ bên ngoài vào Việt Nam; xây dựng thành công các vùng an toàn dịch bệnh lở mồm long móng cấp huyện hoặc vùng liên huyện của một hoặc nhiều tỉnh, thành phố; tiến tới xây dựng vùng an toàn dịch bệnh cấp tỉnh; góp phần thực hiện thành công chiến lược phát triển chăn nuôi giai đoạn 2021 - 2030, tầm nhìn 2045.

Mục tiêu cụ thể, số lượng ổ dịch lở mồm long móng và gia súc mắc bệnh giảm từ 10 - 20% so với trung bình của cả giai đoạn 2016 - 2020; xây dựng thành công thêm ít nhất 10 vùng an toàn dịch bệnh cấp huyện hoặc vùng liên huyện của một hoặc nhiều tỉnh, thành phố, đồng thời xây dựng thành công, duy trì ít nhất 1.000 cơ sở, chuỗi chăn nuôi gia súc an toàn dịch bệnh đối với bệnh lở mồm long móng; được Tổ chức Thú y Thế giới (OIE) công nhận Chương trình quốc gia phòng, chống bệnh lở mồm long móng của Việt Nam phù hợp với khuyến cáo của OIE.

Một trong những nội dung của Chương trình là ngăn chặn sự xâm nhiễm virus lở mồm long móng từ bên ngoài vào Việt Nam. Thực hiện kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật nhập khẩu chính ngạch theo quy định của Luật Thú ý và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật Thú y; kiểm soát, ngăn chặn, kịp thời phát hiện, xử lý nghiêm các trường hợp nhập lậu, vận chuyển, buôn bán bất hợp pháp động vật, sản phẩm động vật qua biên giới.

Phòng bệnh bằng vắc xin lở mồm long móng: Tập trung tiêm phòng cho đàn trâu, bò, lợn nái, lợn đực giống. Ngoài ra, căn cứ đặc điểm dịch tễ của bệnh lở mồm long móng và nguồn lực của địa phương, cơ quan quản lý chuyên ngành thú y cấp tỉnh báo cáo, tham mưu cấp có thẩm quyền của địa phương xem xét, quyết định việc tiêm phòng vắc xin lở mồm long móng cho các đối tượng gia súc khác.

Bảo đảm 2 lần tiêm phòng trong năm, mỗi lần cách nhau 6 tháng; lần 1 trong khoảng thời gian từ tháng 2 - 5 và lần 2 trong khoảng thời gian từ tháng 8 - 11. Ngoài 2 đợt tiêm chính, các địa phương cần có kế hoạch và tổ chức tiêm phòng bổ sung cho đàn vật nuôi phát sinh trước và sau các đợt tiêm chính, bảo đảm tiêm vắc xin cho tối thiểu 80% tổng đàn thuộc diện phải  tiêm phòng.