Theo đó, UBND tỉnh giao Ban quản lý KKT tỉnh Phú Yên là đơn vị lập Quy hoạch, thời hạn đến năm 2040. KKT Nam Phú Yên với tổng diện tích 20.730 ha, với quy mô dân số khoảng 220.000 - 250.000 người. Tổng dự toán về kinh phí là 4.691.092.000 đồng, từ vốn ngân sách tỉnh. Thời gian bắt đầu thực hiện từ năm 2020.

Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Nhiệm vụ điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên, tỉnh Phú Yên đến năm 2040.

Trước đó, theo đề cương nhiệm vụ điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng KKT Nam Phú Yên, tỉnh Phú Yên đến năm 2040 được Thủ tưởng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1799/QĐ-TTg ngày 12/12/2019 là xây dựng và phát triển KKT Nam Phú Yên trở thành KKT tổng hợp đa nghành, đa chức năng, với trọng tâm là các loại hình công nghiệp công nghệ cao, các ngành công nghiệp gắn với cảng biển; một trung tâm dịch vụ và du lịch cấp quốc gia và khu vực. Tạo điểm bứt phá về kinh tế - xã hội trong khu vực Nam Trung Bộ, tạo sự liên kết phát triển giữa các tỉnh vùng Duyên hải Nam Trung Bộ và Tây Nguyên.

Mục tiêu xây dựng KKT Nam Phú Yên phù hợp với chiến lược phát triển quốc gia biển, chiến lược phát triển kinh tế biển Việt Nam; xây dựng KKT Nam Phú Yên thành vùng kinh tế động lực của tỉnh Phú Yên; có hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật - xã hội đồng bộ, hiện đại; không gian kiến trúc cảnh quan, đô thị văn minh, tiên tiến, môi trường bền vững và sử dụng đất đai hiệu quả; làm cơ sở pháp lý để triển khai các quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết các khu chức năng và các dự án đầu tư xây dựng thuộc KKT. 

Thủ tướng Chính phủ cũng yêu cầu, trên cơ sở rà soát, kế thừa các yếu tố hợp lý của đồ án quy hoạch chung xây dựng KKT Nam Phú Yên, tỉnh Phú Yên được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1712/QĐ-TTg ngày 23/10/2009, kết quả đầu tư và thu hút đầu tư trong thời gian qua, đề xuất các khu chức năng và hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội phù hợp cho KKT.

Xác định mối liên kết trong chiến lược phát triển giao thông của Quốc gia, Vùng kinh tế trọng điểm miền Trung và vùng tỉnh Phú Yên về đường bộ, đường sắt và đường hàng không, các giải pháp kết nối với Quốc lộ 1A, đường cao tốc Bắc - Nam, đường Quốc lộ 29, cao tốc Tây Nguyên, đường ven biển quốc gia và đường sắt Bắc - Nam. Phân tích mô hình phát triển mạng lưới giao thông, tổ chức phân loại, phân cấp các tuyến giao thông, điều chỉnh hướng tuyến của các tuyến đường đảm bảo kết nối với các tuyến giao thông đối ngoại đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của khu vực.