Theo đó, yêu cầu về mục tiêu lập quy hoạch: Mục tiêu chung bảo đảm hiệu quả hoạt động khai thác, gắn với bảo vệ, bảo tồn, phục hồi, phát triển nguồn lợi thủy sản, phát triển nghề cá bền vững và có trách nhiệm; bảo vệ môi trường, thích ứng với biến đổi khí hậu, phù hợp với yêu cầu hội nhập quốc tế; bảo vệ quốc phòng an ninh trên các vùng biển, hải đảo thuộc chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán quốc gia của Việt Nam.

Về mục tiêu cụ thể, xây dựng được bộ chỉ tiêu, chỉ số cụ thể về bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050); xây dựng được phương án tổ chức không gian khai thác thuỷ sản phù hợp từng vùng biển, từng khu vực biển, gắn với số lượng tàu cá hoạt động theo nghề, chiều dài, đối tượng khai thác cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050).

Xây dựng được phương án bảo vệ, bảo tồn và phát triển nguồn lợi thuỷ sản ở từng vùng sinh thái và vùng biển cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050). Quy hoạch được hệ thống cơ sở dịch vụ hậu cần phục vụ hoạt động khai thác và bảo vệ nguồn lợi trên phạm vi toàn quốc cho từng giai đoạn trong thời kỳ quy hoạch (giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050).

Yêu cầu về nội dung lập quy hoạch, Quyết định nêu rõ: Việc lập Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thuỷ sản phải đáp ứng các nội dung cơ bản. Trong đó có điều tra, khảo sát bổ sung dữ liệu chuyên sâu phục vụ lập quy hoạch. Cụ thể, nội dung điều tra, khảo sát về kinh tế xã hội nghề cá (bao gồm cả hoạt động khai thác thủy sản và công tác quản lý nghề cá); xác định vị trí địa lý, ranh giới, diện tích, bản đồ và đối tượng bảo tồn tại khu vực có tiềm năng thành lập khu bảo tồn biển; xác định vị trí địa lý, ranh giới, diện tích, bản đồ khu vực cư trú nhân tạo cho loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm, loài thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học, loài thủy sản bản địa, loài thủy sản đặc hữu ở vùng biển; xác định vị trí địa lý, ranh giới, diện tích, bản đồ khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn ở vùng nội địa.

Về phạm vi điều tra, khảo sát, với vùng biển, điều tra khảo sát bổ sung tại 11 khu vực có tiềm năng thành lập khu bảo tồn biển bao gồm: Quần đảo Long Châu (Hải Phòng), Hòn Ngư - Đảo Mắt (Nghệ An); rạn ngầm lân cận Hòn La - Đảo Yến (Quảng Bình); bán đảo Sơn Trà (Đà Nẵng); xã đảo Tam Hải (Quảng Nam); Vũng Rô và vùng rạn lân cận (Phú Yên); Cù Lao Xanh (Bình Định); quần đảo Hòn Khoai (Cà Mau); đảo Hòn Sơn, xã Lại Sơn (Kiên Giang); Hòn Mê (Thanh Hóa); Phú Quý (Bình Thuận).

Điều tra khảo sát bổ sung tại 35 khu vực ven biển là nơi tập trung sinh sống của các loài thủy sản còn non, có giá trị kinh tế, khoa học, loài thủy sản bản địa, loài thủy sản đặc hữu, loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm.

Với vùng nội địa, điều tra khảo sát bổ sung thông tin tại các khu vực thủy sản tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sinh sống tại các thủy vực, bao gồm: sông Đà, sông Gâm, sông Lô, sông Thái Bình, sông Rạng, sông Văn Úc, sông Mã, sông Krong Ana, hồ Yaly; phân tích, đánh giá điều kiện tự nhiên, kết quả điều tra đánh giá nguồn lợi thủy sản; hiện trạng quản lý, khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản;...

Phân tích, đánh giá điều kiện tự nhiên, kết quả điều tra đánh giá nguồn lợi thủy sản; hiện trạng quản lý, khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản: Hiện trạng kết quả điều tra, khảo sát; trữ lượng, phân bố và khả năng khai thác nguồn lợi thủy sản; hiện trạng các khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, các loài thủy sản đã được lưu trữ giống, gen và đã sản xuất được giống thương phẩm; hiện trạng sản xuất, khai thác thủy sản, gồm phương tiện, sản lượng khai thác thủy sản, tốc độ tăng trưởng giá trị khai thác thủy sản, cơ sở hạ tầng dịch vụ hậu cần khai thác thủy sản xa bờ; hệ thống tổ chức quản lý khai thác, bảo vệ và phát triển nguồn lợi  thủy sản.

Về định hướng bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản, xây dựng định hướng phát triển theo giai đoạn 2021 - 2030 và 2031 - 2050; luận chứng xây dựng phương án phát triển và lựa chọn phương án ưu tiên phát triển; xác định khu vực dự kiến thành lập khu bảo tồn biển; khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản; khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn; khu vực cư trú nhân tạo cho loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm, loài thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học, loài thủy sản bản địa, loài thủy sản đặc hữu, đường di cư tự nhiên của các loài thủy sản;

Phân vùng khai thác thủy sản; đề xuất biện pháp quản lý, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; xác định nghề, ngư cụ cấm sử dụng khai thác thủy sản; cơ cấu nghề, đối tượng khai thác, vùng biển khai thác thủy sản; định hướng sử dụng đất, mặt nước cho việc bảo vệ và khai thác nguồn lợi thuỷ sản, xây dựng hạ tầng dịch vụ hậu cần khai thác thuỷ sản.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, cơ quan, tổ chức liên quan triển khai lập quy hoạch theo nhiệm vụ lập Quy hoạch đã được phê duyệt đảm bảo chất lượng, tiến độ, hiệu quả.

Các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn lập Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thuỷ sản thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến 2050.