Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện Dự án, Công ty Miền Bắc đã không thể hiện được năng lực, không đáp ứng được khối lượng công việc như đã cam kết. Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn đã tiến hành  thu hồi và chấm dứt hiệu lực pháp lý của dự án trên.

Sau khi thu hồi Dự án, Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn đã cấp giấy chứng nhận đầu tư cho hai doanh nghiệp tiếp tục thực hiện đầu tư dự án khai thác hạ tầng khu công nghiệp này, đó là Công ty cổ phần Kiến trúc Phục Hưng (145 ha) và Công ty cổ phần Đầu tư phát triển VID Thanh Hóa (163 ha). Đồng thời, định giá phần tài sản và chi phí mà Công ty Miền Bắc đã bỏ ra là hơn 21 tỷ đồng, (khoản chi phí này sẽ do hai doanh nghiệp tiếp nhận lại dự án chi trả, trong đó, VID trả hơn 14 tỷ và Phục Hưng trả 6,87 tỷ đồng).

Về góc độ phân xử tài chính của Khu kinh tế Nghi Sơn đã được các bên đồng ý. Theo nguyên tắc tài chính, hai nhà đầu tư mới sẽ chuyển khoản tiền hơn 21 tỷ đồng về Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn để cơ quan này hoàn trả lại cho Công ty Miền Bắc. Nhưng mới có VID hoàn tất nghĩa vụ tài chính trên.

Một góc Khu công nghiệp Bỉm Sơn (ảnh: Bimson.gov.vn)

Để thực hiện nội dung mà các bên đã thống nhất, phía Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn đã nhiều lần gửi công văn đến các bên liên quan, yêu cầu Công ty Phục Hưng thực hiện nghĩa vụ tài chính cho Công ty Miền Bắc. Nhưng yêu cầu này vẫn không được phía Phục Hưng thực hiện, do có một số khúc mắc liên quan tới những tồn đọng của dự án sau khi tiếp nhận.

Theo tìm hiểu của phóng viên Báo Đầu tư, trước đó, trong quá trình đầu tư dự án hạ tầng tại Khu công nghiệp Bỉm Sơn, Công ty Miền Bắc có ký hợp đồng cho thuê lại đất đối với nhà đầu tư thứ cấp là Công ty cổ phần Đông Phương Phát để thực hiện dự án nhà máy sản xuất kết cấu thép. Dự án này nằm trong khu đất mà Công ty Phục Hưng được cấp giấy chứng nhận đầu tư.

Tuy nhiên, sau khi thu hồi đất từ Công ty Miền Bắc (nhà đầu tư cũ) và bàn giao về cho Công ty Phục Hưng (nhà đầu tư mới), giữa các bên chưa cung cấp được các hồ sơ liên quan. Ông Trịnh Ngọc Khánh, Chủ tịch HĐQT Công ty cổ phần Kiến trúc Phục Hưng đã cung cấp cho phóng viên Báo Đầu tư tài liệu là hai tờ phiếu lệnh chi tại Ngân hàng Công thương Việt Nam (VietinBank) của Công ty Đông Phương Phát chuyển cho Công ty Miền Bắc, có tổng giá trị là 5 tỷ đồng và khẳng định: “Đây là khoản tiền phía Đông Phương Phát đã trả Công ty Miền Bắc để thuê đất, sử dụng hạ tầng trong 50 năm. Khoản tiền này lẽ ra phía Công ty Miền Bắc phải gửi lại cho Công ty Phục Hưng”, ông Khánh nói .

Về khoản tiền 5 tỷ đồng đã thu của Công ty Đông Phương Phát, ông Nguyễn Tiến Trung, Giám đốc Công ty Miền Bắc lại cho rằng, tại hội nghị gần đây nhất (ngày 10/2/2015) do Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn làm chủ trì, thảo luận về nghĩa vụ tài chính giữa các bên có nội dung kết luận rằng, Công ty Đông Phương Phát đã hoàn thành việc chi trả bồi thường giải phóng mặt bằng dự án Nhà máy sản xuất kết cấu thép tại Khu A - Khu công nghiệp Bỉm Sơn. Cũng theo biên bản tại hội nghị này, Phục Hưng phải thực hiện nghĩa vụ tài chính khoản 6,78 tỷ đồng với Công ty Miền Bắc mà không nhắc đến vụ liên quan giữa Công ty Miền Bắc và Công ty Đông Phương Phát.