Trong dự thảo, phương án được Bộ Tài chính lựa chọn là giá tính thuế TTĐB đối với ô tô dưới 24 chỗ ngồi nhập khẩu sẽ bao gồm cả chi phí bán hàng trong nước của nhà nhập khẩu thông qua việc thu thêm thuế TTĐB tại khâu nội địa khi nhà nhập khẩu ô tô bán ra. 

Theo đó, nhà nhập khẩu được tính trừ số thuế TTĐB đã nộp ở khâu nhập khẩu. Đồng thời, để hạn chế chuyển giá thông qua kê khai giảm giá tính thuế của nhà nhập khẩu dẫn đến số thuế TTĐB phải nộp âm thì dự thảo sẽ bổ sung quy định trường hợp số thuế TTĐB phải nộp ở khâu bán ra trong nước nhỏ hơn số thuế TTĐB đã nộp ở khâu nhập khẩu (số thuế TTĐB âm) thì nhà nhập khẩu chỉ được khấu trừ tương ứng với số thuế TTĐB tính được khi bán ra trong nước.

Phương án này được cho là bảo đảm bình đẳng về giá tính thuế giữa ô tô dưới 24 chỗ ngồi nhập khẩu và hàng sản xuất trong nước trước bối cảnh thuế nhập khẩu được cắt giảm mạnh, qua đó ô tô trong nước có thể cạnh tranh bình đẳng với hàng nhập khẩu. 

Với phương án này, số thuế TTĐB mà ô tô nhập khẩu phải đóng thêm chắc chắn sẽ tăng mạnh, ước tính có thể thêm khoảng 5% giá xe hiện nay. 

Mặc dù cho biết, phương án này sẽ dẫn đến phản ứng từ một số nhà nhập khẩu ô tô. Cụ thể các nhà nhập khẩu xe chính hãng tại Việt Nam gồm Audi, BMW, Porsche, Renault, Subaru, Volkswagen đã cho rằng, quy định về giá tính thuế TTĐB hiện hành đối với ô tô sản xuất, lắp ráp trong nước và ô tô nhập khẩu nguyên chiếc là công bằng và kiến nghị giữ như hiện hành. Dẫu vậy Bộ Tài chính vẫn quyết định đề nghị Chính phủ lựa chọn các tính này.

Dĩ nhiên thì Bộ Tài chính cũng đưa ra phương án 2 là giữ nguyên cách tính hiện hành về giá tính thuế TTĐB đối với hàng nhập khẩu. Phương án này có ưu điểm tạo ra ổn định như ý kiến một số nhà nhập khẩu nhưng lại có nhược điểm giảm khả năng cạnh tranh của ô tô sản xuất, lắp ráp trong nước trong bối cảnh thuế nhập khẩu đang được cắt giảm về 0% theo các cam kết quốc tế.

Trước đó, với thực tế cắt giảm thuế nhập khẩu về 0% đối với mặt hàng ô tô theo các cam kết quốc tế (Hiệp định thương mại hàng hóa ASEAN), Hiệp hội các nhà sản xuất, lắp ráp ô tô Việt Nam (VAMA), Hiệp hội cơ khí Việt Nam (VAMI) đã liên tục khiếu nại tới các cơ quan chức năng và cho rằng, giá tính thuế TTĐB đối với hàng nhập khẩu chưa bảo đảm công bằng với hàng sản xuất trong nước. Nguyên do trong giá tính thuế TTĐB đối với hàng nhập khẩu không có chi phí bán hàng trong nước, lãi của cơ sở kinh doanh nhập khẩu. Vì vậy, cần có những giải pháp để bảo hộ sản xuất trong nước và cần thiết phải sửa đổi quy định về giá tính thuế TTĐB đối với mặt hàng ô tô để bảo đảm công bằng với hàng nhập khẩu.

Theo đề xuất của Bộ Tài chính, cách tính thuế TTĐB mới sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2016.