Kiểm toán đề án cơ cấu hệ thống các TCTD giai đoạn 2011- 2015 của KTNN cho thấy,  hệ thống TCTD nói chung, các ngân hàng thương mại nói riêng đã từng bước được lành mạnh hóa. Tuy nhiên, nhiều TCTD có tỷ lệ nợ xấu cao và tăng nhanh.

Cụ thể, tỷ lệ nợ xấu của Ngân hàng Phát triển Việt Nam (VDB) cao và tăng nhanh (tại 31/12/ 2014 là 11,05%, tăng 68% so với năm 2013). Công ty Chứng khoán MHB vi phạm các quy định trong hoạt động kinh doanh chứng khoán, dẫn đến nợ tồn đọng nhiều, khó có khả năng thu hồi (cho khách hàng nợ tiền mua chứng khoán 282,72 tỷ đồng; cho vay mua chứng khoán thông qua hợp đồng hợp tác đầu tư 53,16 tỷ đồng, thông qua hợp đồng uỷ thác đầu tư 70,4 tỷ đồng); kinh doanh thua lỗ không có nguồn để trả trái phiếu đến hạn 400 tỷ đồng, không quản lý tách biệt tiền và chứng khoán của nhà đầu tư và của công ty chứng khoán, gia hạn hợp đồng mua bán lại chứng khoán có kỳ hạn không đúng hướng dẫn của Ủy ban Chứng khoán Nhà nước...

Bên cạnh đó, việc phân loại nợ của các ngân hàng cũng được KTNN đánh giá là chưa phù hợp, khiến việc trích lập thiếu dự phòng rủi ro tín dụng, cho vay không đúng quy định nên chưa thu hồi được nợ, đơn cử là VietinBank, BIDV, VCB.

Riêng VDB cân đối giữa huy động và sử dụng vốn chưa phù hợp, dẫn đến tồn đọng vốn lớn (số dư tiền gửi có kỳ hạn bình quân năm 2014 tại các tổ chức tín dụng là 13.226 tỷ đồng), làm gia tăng cấp bù chênh lệch lãi suất từ NSNN. Ngân hàng Chính sách xã hội có nhiều khoản nợ đến hạn phải xin gia hạn hoặc chuyển nợ quá hạn.

Ngân hàng yếu kém cũng là một vấn đề đáng quan ngại. Theo KTNN, năng lực tài chính của nhiều TCTD yếu kém, ngân hàng 0 đồng rất xấu. “Có những TCTD nợ xấu lên đến 20- 30%. Xử lý nợ xấu đối với các TCTD này cũng là vấn đề hết sức nan giải, khó khăn trong quá trình tái cơ cấu hệ thống TCTD”- đại diện KTNN chuyên ngành 7 cho hay.