Báo Đầu tư có bài " Hàng loạt doanh nghiệp hạt giống kêu cứu vì Hải quan TP.HCM truy, áp thuế" phản ánh việc nhiều doanh nghiệp kêu cứu cho hay, Cơ quan hải quan tại TP.HCM đã yêu cầu họ phải đóng thuế nhập khẩu 10% đối với mặt hàng hạt giống rau, dưa hấu cũng như truy thu thuế mạt hàng hạt giống dưa hấu từ năm 2015 đến năm 2018; Áp dụng thuế nhập khẩu 10% đối với hạt giống bí đỏ, dưa lê, dưa lưới, hạt hoa hướng dương từ năm 2019 và thuế nhập khẩu 15% đối với mặt hàng hạt giống ngô, ràu mùi từ năm 2020.

Tiếp nhận kêu cứu, Hiệp hội Thương mại giống cây trồng Việt Nam đã gửi công văn kêu tới tận Chính phủ, Bộ NN-PTNT, Bộ Tài chính, cho rằng Hải quan hiểu chưa đúng về hạt giống với các loại hạt dùng trong thương mại và cho rằng áp thuế trên là chưa đúng quy định.

Liên quan vụ việc, Tổng cục Hải quan vừa có công văn hỏa tốc số 3864/TCHQ-TXNK ngày 11/6/2020 gửi Cục hải quan các tỉnh, thành phố về việc xử lý thuế đối với mặt hàng giống cây trồng nhập khẩu.

Theo đó, Tổng cục Hải quan phân tích: quy định tại Khoản 12 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu quy định “giống cây trồng; giống vật nuôi; phân bón, thuốc bảo vệ thực vật trong nước chưa sản xuất được, cần thiết nhập khẩu theo quy định của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền” thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu.

Tại Điều 18 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ  xác định:  hàng hóa trong nước chưa sản xuất được thực hiện theo quy định của Bộ Kế hoạch và Đầu tư; hàng hóa nhập khẩu thuộc Danh mục giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật cần thiết nhập khẩu thực hiện theo quy định của Bộ NN-PTNT.

Tại Khoản 1, khoản 4 Điều 40 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP cũng giao trách nhiệm  cho Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được làm căn cứ xác định hàng hóa trong nước chưa sản xuất được;  Bộ  NN-PTNT ban hành Danh mục hoặc tiêu chí để xác định giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật cần thiết nhập khẩu.

Mặt khác, ngày 31/7/2017, Văn phòng Chính phủ có công văn số 7956/VPCP-KTTH thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về việc triển khai thực hiện Nghị định 134/2016/NĐ-CP. Theo đó có yêu cầu các Bộ: Kế hoạch và Đầu tư, NN-PTNT, Thông tin và truyền thông, Khoa học và công nghệ, Tài nguyên và môi trường, Giáo dục và đào tạo căn cứ nhiệm vụ được giao tại Điều 40 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, trong năm 2017 phải hoàn thành việc ban hành danh mục hoặc tiêu chí hàng hóa làm căn cứ áp dụng chính sách thuế nhập khẩu. Trong thời gian chờ ban hành, có văn bản thông báo tới các bộ, cơ quan, doanh nghiệp về danh mục hàng hóa làm căn cứ miễn thuế nhập khẩu theo quy định.

Căn cứ các quy định, công văn hướng dẫn nêu trên, theo Tổng cục Hải quan, trường hợp mặt hàng hạt giống rau, hạt giống dưa các loại nhập khẩu không thuộc Danh mục hàng hóa trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư 01/2018/TT-BKHĐT ngày 30/3/2018 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và thuộc Danh mục hoặc tiêu chí được Bộ NN-PTNT xác nhận là giống cây trồng cần thiết nhập khẩu thì được miễn thuế nhập khẩu  theo quy định tại Khoản 12 Điều 16 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và  Điều 18 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Từ đó Tổng cục Hải quan đề nghị cục hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp nhập khẩu các mặt hàng hạt giống rau, hạt giống dưa các loại nêu trên liên hệ với Bộ NN-PTNT để xác nhận là giống cây trồng cần thiết nhập khẩu làm cơ sở để thực hiện miễn thuế theo quy định. Trong đó, hồ sơ, thủ tục miễn thuế phải thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Trước đó, ngày 28/4/2020, tại Công văn số 2734/TCHQ-TXNL trả lời Hiệp hội Thương mại giống cây trồng Việt Nam liên quan kêu cứu của doanh nghiệp,  Tổng cục Hải quan căn cứ chú giải pháp lý 3, Chương 12 của Thông tư số 65/2017/TT-BTC ngày 27/6/2017 của Bộ tài chính về việc ban hành Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam để cho rằng, các loại hạt dưa và hạt bí là hạt có dầu để cho rằng các mặt hàng hạt giống dưa, hạt giống bí, dù dùng để gieo trồng, cũng phải được phân loại thuộc nhóm 12.07, nên việc áp thuế 10% là chính xác.

Từ đó, Tổng cục Hải quan cho rằng, Bảng mã HS đối với hàng hóa chuyên ngành xuất nhập khẩu thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN-PTNT) tại Phụ lục 02, Thông tư số 24/2017/BNNPTNT ngày 15/11/2017 của Bộ NN-PTNT (ban hành Bảng mã số HS đối với hàng hóa chuyên ngành xuất khẩu, nhập khẩu thuộc phạm vi quản lý của Bộ NN-PTNT) không phù hợp với Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu Việt Nam ban hành kèm theo Thông tư số 65/2017/TT-BTC của Bộ Tài chính và “không là căn cứ để tính thuế suất”.