Theo Bộ GTVT hiện nay, trên hệ thống quốc lộ có 74 trạm thu phí trên quốc lộ và có 45 trạm đang thu phí, 29 trạm chưa thu thuộc các dự án đang đầu tư

Cụ thể,  Bộ Tài chính kiến nghị Thủ tướng không giảm mức phí đối với các trạm thu phí đang có mức thu  thấp theo Thông tư số 90/2004/TT-BTC (16 trạm). Các trạm thu phí đường cao tốc do thu phí kín, mức thu tính theo km xe chạy và người sử dụng đường có quyền lựa chọn (đi đường cao tốc hay quốc lộ) cũng không giảm phí.

Đối với các trạm được ban trạm thu phí được ban hành mức thu từ năm 2014 theo mức tại Thông tư số 159/2013/TT-BTC, Bộ Tài chính cho biết mức thu đối với xe  nhóm 4 (xe tải 10 đến 18 tấn, xe container 20 fit) và nhóm 5 (xe tải từ 18 tấn trở lên, xe container 40 fit) được quy định ở mức tối đa. Còn xe ở  nhóm 1 ( xe dưới 12 chỗ, xe tải dưới 2 tấn), nhóm  2 (xe từ 12 đến 30 chỗ, xe tải 2 đến dưới 4 tấn) và nhóm 3 (xe từ 31 chỗ trở lên, xe tải 4 đến dưới 10 tấn) đều thấp hơn mức tối đa của Khung mức thu tại Thông tư số 159/2013/TT-BTC. 

Trong khi đó xe nhóm 4, nhóm 5  chuyên hoạt động kinh doanh vận tải nên  việc giảm mức thu đối với 2 nhóm này góp phần giảm khó khăn cho hoạt động kinh doanh vận tải, theo đúng tinh thần chỉ đạo tại Nghị quyết số 35/NQ-CP. Ngoài ra, 5 trạm thu phí mức cao nhất cũng cần điều chỉnh mức thu nhóm 1 và nhóm 2, đảm bảo tương đồng với mức thu các trạm khác.

Vì vậy, Bộ Tài chính trình Thủ tướng chấp thuận chủ trương: Đối với các trạm có thể  giảm phí do TMĐT giảm, doanh thu thực tế cao hơn dự tính, được hoàn thuế VAT sẽ giảm 10%-15% mức thu đối với xe nhóm 4 và nhóm 5 của các trạm có mức thu tối đa khung tại Thông tư số 159/2013/TT-BTC. Giảm 10%-20% mức phí đối với xe nhóm 1 và nhóm 2  của 5 trạm có mức thu cao nhất (2 trạm trên quốc lộ 5, 2 trạm thu phí cầu Bến Thuỷ và trạm cầu Gianh trên quốc lộ 1).

Bộ Tài chính cũng đề xuất Thủ tướng giao Bộ GTVT làm việc với Nhà đầu tư dự án BOT để thống nhất thực hiện giảm mức phí và đề xuất gửi Bộ Tài chính trước ngày 10/7/2016, để Bộ Tài chính ban hành thông tư điều chỉnh mức thu phí có hiệu lực ngay và thực hiện vào ngày đầu tháng, đầu quý đảm bảo thuận tiện cho việc sử dụng vé tháng, vé quý đã mua.

Đối với các trạm đã  ban hành thông tư quy định mức phí nhưng chưa thu phí, các trạm đang xây dựng hoặc sẽ xây dựng thông tư ban hành và thu phí trong năm 2016 mà mức phí tại Hợp dồng BOT  cao hơn mức phí dự kiến điều chỉnh nêu trên thì thực hiện điều chỉnh mức phí tối đa bằng mức phí các trạm dự kiến giảm 10%-15% mức thu đối với xe nhóm 4 và nhóm 5, giảm 10%-20% mức phí đối với xe nhóm 1 và nhóm 2.