Đến ngày 30/7/2013, Kiểm toán Nhà nước đã triển khai kiểm toán 37/57 đầu mối thuộc kế hoạch năm 2013, đã kết thúc tại 20 đầu mối, trong đó có 18 đầu mối đã có Dự thảo báo cáo kiểm toán được xét duyệt.

Năm 2011, tổng số vốn trái phiếu Chính phủ đã giải ngân, thanh toán đạt 99,8% kế hoạch. Tuy nhiên qua kiểm toán, KTNN đã chỉ ra những yếu kém, hạn chế và kiến nghị thu hồi về ngân sách hơn 292 tỷ đồng vốn trái phiếu Chính phủ đã phân bổ và thanh toán sai quy định.

Theo KTNN việc phân bổ và sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ năm 2011 còn một số hạn chế như: phân bổ vốn cho dự án chưa có quyết định đầu tư (Dự án đường giao thông bên bờ sông Đà, đường kết nối và 3 cầu bắc qua sông Đà - tỉnh Lai Châu, phân bổ và giải ngân năm 2011 là 36 tỷ đồng); bố trí vốn cho dự án không thuộc danh mục được phê duyệt: Dự án sửa chữa nâng cấp cụm hồ Phước Long, tỉnh Bình Phước không có trong danh mục kế hoạch vốn giao năm 2011của Thủ tướng Chính phủ nhưng UBND tỉnh đã bố trí kế hoạch và thanh toán cho dự án này gần 35 tỷ đồng;

Một số đơn vị chưa phân bổ hết vốn được giao, trong đó có tỉnh Sơn La chưa phân bổ hết 15,341 tỷ đồng, phân bổ vốn cho các dự án không đủ thủ tục, dẫn đến không giải ngân được vốn tại Bộ Giao thông Vận tải là hơn 7 tỷ đồng, tại tỉnh Tây Ninh là gần 30 tỷ đồng...

	KTNN kiến nghị thu hồi về ngân sách hơn 292 tỷ đồng vốn trái phiếu Chính phủ đã phân bổ và thanh toán sai quy định

Về ứng trước nguồn vốn trái phiếu Chính phủ, năm 2011, các Bộ, ngành và địa phương đã ứng trước để chi đầu tư từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ 4.030 tỷ đồng (Bộ, ngành 940 tỷ đồng; địa phương 3.090 tỷ đồng).

Số dư ứng trước dự toán nguồn vốn trái phiếu Chính phủ chưa thu hồi đến hết năm 2011 của các Bộ, ngành, địa phương là 9.268,5 tỷ đồng.

Kết quả kiểm toán cho thấy, một số địa phương đã sử dụng vốn ứng trước để thanh toán 111,3 tỷ đồng cho một số công trình ngoài danh mục công trình được ứng trước như: Dự án cơ sở hạ tầng cụm công nghiệp Phú Sơn tỉnh Ninh Bình 60 tỷ đồng, Dự án Nạo vét lòng tuyến thoát lũ sông Hoàng Long tỉnh Ninh Bình 20 tỷ đồng;

3 dự án Bộ Tài chính đã có văn bản thu hồi nhưng các địa phương chưa thực hiện (Dự án cải tạo nâng cấp đê hữu sông Đáy đoạn qua thành phố Ninh Bình 11,2 tỷ đồng, Dự án cải tạo nâng cấp kênh Quần Vinh – Nghĩa Hưng, Nam Định 4,141 tỷ đồng và Dự án cứng hoá đê hữu sông Thao kết hợp đường giao thông k0-k60 Phú Thọ 16 tỷ đồng); điều chuyển vốn ứng trước giữa các công trình, lĩnh vực sai quy định 110,1 tỷ đồng; ứng vốn cho các dự án không thuộc diện phòng chống, khắc phục hậu quả thiên tai cấp bách theo Nghị quyết 11/NQ-CP (ứng trước vốn trái phiếu Chính phủ cho 9 dự án của Bộ Giao thông Vận tải 400 tỷ đồng, cho các dự án bệnh viện tuyến tỉnh 450 tỷ đồng...);

Tỉnh Vĩnh Phúc ứng 30 tỷ đồng vốn trái phiếu Chính phủ nhưng không giải ngân, tỉnh Quảng Nam lĩnh vực thủy lợi giải ngân thấp, đạt 31,5% (6,292 tỷ đồng/20 tỷ đồng).

Theo kết quả kiểm toán năm 2012 về niên độ ngân sách 2011 của KTNN, việc huy động vốn trái phiếu Chính phủ đảm bảo nguyên tắc sử dụng linh hoạt, đáp ứng nhu cầu vốn theo tiến độ giải ngân của các dự án đầu tư. Tổng số vốn theo kế hoạch thực hiện trong năm 2011 là 45.000 tỷ đồng, số giải ngân, thanh toán là 44.924 tỷ đồng (Bộ, ngành 16.932 tỷ đồng, địa phương 27.992 tỷđồng), đạt 99,8% kế hoạch.

Từ kết quả kiểm toán, KTNN đã đề nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính và các Bộ, ngành, địa phương, đơn vị được kiểm toán thực hiện đầy đủ, kịp thời kiến nghị của KTNN trong năm 2012 đối với niên độ ngân sách 2011, trong đó thu hồi về ngân sách Trung ương số vốn trái phiếu Chính phủ đã phân bổ và thanh toán sai quy định 292,336 tỷ đồng.

Cụ thể, thu hồi các khoản phân bổ và thanh toán cho một số công trình ngoài danh mục công trình được ứng trước 111,341 tỷ đồng; điều chuyển công trình, lĩnh vực sai quy định 110,095 tỷ đồng; thanh toán không đúng với các dự án đã được Thủ tướng Chính phủ giao gần 35 tỷ đồng; phân bổ và thanh toán cho dự án khi chưa có quyết định đầu tư 36 tỷ đồng.

Tú Ân