Nghị định này quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác: Nông nghiệp và phát triển nông thôn, tài nguyên và môi trường, giao thông vận tải, công thương, xây dựng, lao động thương binh và xã hội, tư pháp, sự nghiệp khác.

Tự chủ về tổ chức bộ máy 

Theo Nghị định, đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị không thuộc cơ cấu tổ chức các đơn vị cấu thành theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, khi đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật; xây dựng phương án sắp xếp lại các đơn vị cấu thành trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.

Đối với đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, xây dựng phương án sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.

Tự chủ về nhân sự

Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên được quyết định vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức năng nghề nghiệp phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao.

Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên xây dựng vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Việc tuyển dụng, sử dụng, bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật và quản lý viên chức, người lao động, thuê hợp đồng lao động để thực hiện nhiệm vụ của đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác theo quy định của pháp luật.

Về số lượng người làm việc, Nghị định nêu rõ: Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm chi thường xuyên quyết định số lượng người làm việc.

Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự bảo đảm một phần chi thường xuyên đề xuất số lượng người làm việc của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.

Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên đề xuất số lượng người làm việc trên cơ sở định biên bình quân 5 năm trước và không cao hơn số định biên hiện có của đơn vị, trình cơ quan có thẩm quyền quyết định (đối với các đơn vị sự nghiệp mới thành lập, thời gian hoạt động chưa đủ 5 năm thì tính bình quân cả quá trình hoạt động).

Trường hợp đơn vị chưa xây dựng được vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp, số lượng người làm việc được xác định trên cơ sở định biên bình quân các năm trước theo hướng dẫn của Bộ Nội vụ.

Hội đồng quản lý có từ 5-11 thành viên

Đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư phải thành lập Hội đồng quản lý để quyết định những vấn đề quan trọng của đơn vị.

Hội đồng quản lý quyết định về chiến lược, kế hoạch trung hạn và hàng năm của đơn vị; quyết định chủ trương đầu tư mở rộng hoạt động, thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị trực thuộc; quyết định chủ trương lớn về tổ chức, nhân sự...

Hội đồng quản lý có từ 5-11 thành viên, trong đó có đại diện của cơ quan quản lý cấp trên; Chủ tịch và các thành viên của Hội đồng quản lý do cơ quan có thẩm quyền quyết định thành lập đơn vị bổ nhiệm.

Việc thành lập, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Hội đồng quản lý trong đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác; quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý; mối quan hệ giữa Hội đồng quản lý với người đứng đầu đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác và cơ quan quản lý cấp trên thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Nội vụ, các bộ, ngành, địa phương quy định đối với các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc thẩm quyền quản lý.

Nghị định cũng quy định tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp kinh tế, sự nghiệp khác.

Nghị định có hiệu lực từ 20/12/2016.