Những con số thống kê này nằm trong dự kiến một số biện pháp hỗ trợ các doanh nghiệp bị thiệt hại do sự kiện ngày 13/5/2014 mà Tổng cục Thuế có trách nhiệm thống kê để báo cáo tới Bộ Tài chính.

Cũng theo báo cáo của Tổng cục Thuế, sau sự cố nói trên, cả nước ghi nhận có 778 doanh nghiệp được đánh giá bị ảnh hưởng, trong đó Bình Dương thiệt hại nặng nhất với 537 doanh nghiệp, Đồng Nai có 171 doanh nghiệp, TP.HCM có 33 doanh nghiệp và Hà Tĩnh có 1 doanh nghiệp.

Cũng có 82 doanh nghiệp tại Đồng Nai thiệt hại nhỏ đã tự khắc phục sự cố và 9 doanh nghiệp không khai báo thiệt hại dù cơ quan chức năng đã có văn bản hướng dẫn.

Con số thiệt hại được 687/778 doanh nghiệp khai báo là 9.900 tỷ đồng và 4,23 triệu USD, trong đó riêng Công ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa Hà Tĩnh khai báo thiệt hại lên đến 5.533 tỷ đồng (do tính cả thiệt hại trong tương lai).

Trên thực tế, tổng số thiệt hại được cơ quan bảo hiểm hoặc cơ quan chức năng trên địa bàn rà soát là 4.523 tỷ đồng và 4,23 triệu USD, trong đó Bình Dương là 4.068 tỷ đồng và 4,23 triệu USD; Đồng Nai là 376 tỷ đồng… và của ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa Hà Tĩnh là 4,77 tỷ đồng cùng các nhà thầu làm cho Formosa là 68,32 tỷ đồng.

Tổng cục Thuế cũng cho hay, để hỗ trợ các doanh nghiệp bị ảnh hưởng nói trên, cơ quan thuế đã thực hiện gia hạn hồ sơ khai thuế và gia hạn nộp thuế cho nhiều doanh nghiệp. Ngoài ra, còn thực hiện cơ chế giải quyết hồ sơ hoàn thuế nhanh (hoàn trước kiểm sau cho 408 hồ sơ đề nghị, với tổng số tiền hơn 15.200 tỷ đồng).

Cũng liên quan tới Công ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa Hà Tĩnh, doanh nghiệp này  trước đó đã được Bộ Tài Chính miễn giảm, miễn phạt và hoàn lại số tiền thuế đã truy thu, phạt số tiền trị giá 71,6 tỷ đồng. Đây là số tiền miễn giảm và hoàn lại khoản thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường đã nộp đối với hoạt động hút cát san nền số tiền 71,6 tỷ đồng (trong đó thuế tài nguyên là 49,2 tỷ đồng, phí bảo vệ môi trường là 22,75 tỷ đồng).

Bên cạnh đó, Bộ Tài chính đã không truy thu thuế nhà thầu đối với hàng hóa, thiết bị nhập khẩu kèm theo bảo hành số tiền 176,3 tỷ đồng, đồng thời không truy thu số tiền phạt vi phạm hành chính về thuế 32,88 tỷ đồng, cùng miễn phạt vi phạm chính về thuế số tiền 1,26 tỷ đồng.

Cạnh đó, cơ quan Hải quan đã truy thu 5,5 tỷ đồng của Formosa vì Công ty này đã kê khai, áp mã HS chưa đúng với quy định hiện hành, dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp đối với mặt hàng kết cấu thép tiền chế dạng tháp và các bộ phận rời kèm theo dùng để lắp ghép nhà xưởng”. Ngoài vi phạm trong lĩnh vực hải quan, cơ quan thuế “đã phạt vi phạm hành chính số tiền 225 tỷ đồng vì Formosa lập hợp đồng xây dựng bổ sung không đúng quy định và kê khai bổ sung khâu trừ, hoàn thuế VAT của 19.497 hóa đơn, chứng từ sau khi cơ quan thuế đã thực hiện công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp với số tiền 1.500 tỷ đồng”.

Bình luận về việc hoàn thuế GTGT, ghi thu ngân sách, ghi chi hoàn thuế GTGT với máy móc, trang thiết bị hình thành tài sản cố định của dự án đầu tư được nhập khẩu từ năm 2014 đến tháng 5/2016 cho Công ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa Hà Tĩnh, các chuyên gia ngành thuế và hải quan cho hay, để phục vụ hoạt động tại Việt Nam, các dự án đầu tư sẽ tiến hành nhập khẩu thiết bị, máy móc tạo tài sản cố định. Các thiết bị máy móc này dù có được xác định thuộc danh mục trong nước chưa sản xuất được hay là thiết bị đồng bộ được miễn thuế nhập khẩu nhưng theo quy định vẫn sẽ phải nộp thuế nhập khẩu và thuế GTGT khi làm thủ tục hải quan. Sau đó sẽ được hoàn lại thuế nhập khẩu đã nộp. Nghĩa là phần thực nộp vào ngân sách của các máy móc thiết bị hình thành nên tài sản cố định chỉ có thuế GTGT mà thôi.

Việc hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc khâu sau hoàn cho khâu trước. Khi doanh nghiệp nhập khẩu máy móc, thiết bị vào thì ghi thu ở cơ quan hải quan và cục thuế địa phương sẽ ghi chi. Trong các trường hợp được hoàn thuế có các dự án đầu tư khi có đầu vào nhưng chưa có đầu ra như trường hợp Công ty TNHH Gang thép Hưng nghiệp Formosa Hà Tĩnh.