Nguyên do, theo UBND tỉnh Quảng Nam là lượng nước phía Tây (phân khu 2) đổ vào nội đô quá lớn qua cống Ông Dung và cống Nguyễn Dục; các công trình như cửa xả, kênh, hồ điều hoà và cống ngầm bị suy giảm năng lực thoát nước rất lớn do xây dựng quá lâu, vận hành khó và thiếu đồng bộ; hiện tượng bồi lắng trong cống hố ga khá lớn và bèo tại cửa xả, cửa cống rất lớn gây cản trở tiêu thoát nước; khi có lũ lớn mực nước sông Tam Kỳ - Bàn Thạch dâng cao ảnh hưởng đến việc điều tiết các cửa xả ra sông Bàn Thạch.

Không chỉ TP. Tam Kỳ mà TP. Hội An cũng bị ngập úng và lụt lội khi có mưa lớn, nhất là khu vực phố cổ Hội An. Lý do, theo UBND tỉnh là lưu lượng mưa ngày càng lớn và kéo dài nên hệ thống mương dọc không đáp ứng được lưu lượng thoát nước và các hồ chứa nước thực hiện việc vận hành đập thủy điện; hệ thống thoát nước mưa đã đầu tư từ rất lâu, hiện nay đã xuống cấp và tiết diện quá nhỏ không đảm bảo (nhất là trong khu vực phố cổ, các mương dọc có vị trí chỉ dùng ống D200 hoặc D300).

Về giải pháp ngắn hạn khắc phục tình trạng này, UBND tỉnh Quảng Nam cho biết, tại TP. Tam Kỳ sẽ được đầu tư tuyến kênh thoát lũ phía Tây từ cống Ông Dung về sông Tam Kỳ; đầu tư tuyến cống ngầm đường Trưng Nữ Vương từ đường Nguyễn Hoàng đến sông Bàn Thạch; nâng cấp, cải tạo hệ thống thoát nước đường Nguyễn Dục; trục vớt bèo trên sông Bàn Thạch và phá dỡ đập Bến Bổi.

Còn tại TP. Hội An, tỉnh Quảng Nam sẽ bố trí kinh phí từ nguồn ngân sách nhà nước để thực hiện việc nạo vét, khơi thông cống rãnh. Thực hiện duy tu, sửa chữa nâng cấp các hệ thống mương dọc bị hư hỏng cũng như đầu tư mới các vị trí chưa có mương thoát nước để kết nối đồng bộ.

Về giải pháp dài hạn, UBND tỉnh cho biết, tại TP. Tam Kỳ sẽ cải tạo, nâng cấp các cống ngăn triều hiện có thành van đóng mở bằng điện tích hợp điều khiển IoT hoặc tự lật; chuyển công năng các hồ điều hoà thành hồ điều tiết; đầu tư hệ thống bơm chống ngập; nâng cấp cao trình chống ngập cho kè sông Bàn Thạch

Đối với TP. Hội An, giải pháp dài hạn là cải tạo, nâng cấp lại hệ thống mương thoát nước đáp ứng được lưu lượng mưa cực đoan như thời gian qua đối với các tuyến đường do tỉnh và trung ương quản lý đi qua địa phận Hội An như hệ thống thoát nước dọc tuyến đường ĐT 603B và hệ thống mương dọc của tuyến Quốc lộ 14H.