Theo Cục Hải quan TP.HCM, đơn vị này đã phối hợp với Công ty Sanofi Việt Nam để tìm kiếm một đơn vị kiểm toán độc lập hoặc đơn vị có chức năng thẩm định dự phân bổ danh mục hàng hoá nhập khẩu. Tuy nhiên, việc tìm kiếm cơ quan chuyên ngành có đủ thẩm quyền và chức năng thẩm định rất khó khăn.

Lý do như các công ty thẩm định nêu là “không có văn bản nào hiện nay quy định về việc phân bổ các hạng mục thiết bị máy móc, tài sản sử dụng chung cho các ngành nghề”. Vì vậy, cơ quan thẩm định cũng "bó tay" với yêu cầu được cơ quan hải quan và Bộ Tài chính đặt ra.

Dự án của Công ty Sanofi Việt Nam được xây dựng tại Khu công nghệ cao TP.HCM, với quy mô vốn đầu tư 75 triệu USD, sản xuất các loại dược phẩm, sản phẩm chăm sóc cá nhân chất lượng cao, thuốc thú y. Để thực hiện Dự án, Sanofi đã đề nghị được miễn thuế nhập khẩu đối với máy móc, thiết bị, vật tư trong nước chưa sản xuất được được nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho dự án đầu tư.

Vướng mắc nằm ở chỗ, đúng là dự án ứng dụng công nghệ tiên tiến để sản xuất thuốc chữa bệnh cho người đạt tiêu chuẩn GMP quốc tế thuộc lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu, nhưng khi đăng ký đầu tư, Sanofi lại đăng ký nhiều nội dung khác nhau, như xây dựng trung tâm R&D để nghiên cứu và phát triển các sản phẩm dược phẩm, mỹ phẩm...; xây dựng nhà máy sản xuất dược phẩm, mỹ phẩm, các sản phẩm chăm sóc sức khỏe và thực phẩm chức năng chất lượng cao hiện đại theo tiêu chuẩn GMP...

Trước thực tế Dự án có nhiều mục tiêu, trong đó chỉ có mục tiêu sản xuất dược phẩm theo tiêu chuẩn GMP thuộc lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu, mà pháp luật về thuế xuất nhập khẩu hiện hành chưa có quy định việc miễn thuế đối với dự án phức hợp, bao gồm nhiều mục tiêu, trong đó chỉ có một phần thuộc lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu nên cơ quan hải quan đã rất lúng túng trong quá trình xác định số thuế phải nộp của doanh nghiệp khi nhập khẩu máy móc, thiết bị về làm tài sản cố định.

Tại văn bản số 11442/2015/BTC-TCHQ, Bộ Tài chính đã giao Cục Hải quan TP. HCM phối hợp với cơ quan chuyên ngành kiểm tra toàn bộ hồ sơ dự án đầu tư, luận chứng kinh tế kỹ thuật, bản giải trình chi tiết về việc phân bổ vốn đầu tư tạo tài sản cố định cho từng hạng mục (dược phẩm, mỹ phẩm, thực phẩm chức năng) và các tài liệu khác có liên quan để xác định danh mục hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định sử dụng cho hạng mục xây dựng nhà máy dược phẩm được miễn thuế nhập khẩu.

Văn bản này cũng yêu cầu, Công ty Sanofi Việt Nam chịu trách nhiệm sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đúng mục đích đã được ưu đãi đầu tư cho lĩnh vực sản xuất dược phẩm. Trường hợp phát hiện Công ty Sanofi Việt Nam sử dụng hàng hóa không đúng với mục đích đã được miễn thuế cho lĩnh vực sản xuất dược phẩm như khai báo thì xử lý theo quy định của pháp luật. Như vậy, sau 9 tháng tìm biện pháp, Cục Hải quan TP.HCM dường như đã “bó tay” và đành đề nghị các cơ quan cấp trên cho hướng xử lý.

Nhà máy mới của Sanofi có công suất 90 triệu hộp/năm, dự kiến có thể tăng lên 150 triệu hộp/năm, được xây dựng nhằm đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của người dân Việt Nam và phục vụ xuất khẩu sang các nước Đông Nam Á. Bên cạnh đó, Sanofi còn thành lập tại đây trung tâm nghiên cứu đầu tiên (R&D) của khu vực Đông Nam Á để nghiên cứu và phát triển các sản phẩm mới có chất lượng cao cho thị trường các nước trong khu vực.