Dự án Nhà máy sản xuất Đạm Ninh Bình có tổng mức đầu tư là 667 triệu USD, công suất thiết kế 560.000 tấn Urê/năm được xây dựng tại Khu công nghiệp Khánh Phú, tỉnh Ninh Bình. Chủ đầu tư là Tập đoàn Hóa chất Việt Nam, Nhà thầu EPC là Tổng công ty Thiết kế và Thầu khoán Hoàn Cầu, Trung Quốc.

 Dự án được khởi công ngày 10/5/2008 và được Nhà thầu EPC bàn giao quyền chỉ huy Nhà máy cho Ban quản lý dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình ngày 23/9/2012. Ban quản lý dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình giao tạm thời nguyên trạng Nhà máy cho Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đạm Ninh Bình tiếp nhận, quản lý và vận hành từ ngày 15/10/2012 cho đến nay. 

Theo kết luận thanh tra Tổng công ty Hóa chất Việt Nam (nay là Tập đoàn Hóa chất Việt Nam - Vinachem) phê duyệt điều chỉnh dự án trên cơ sở kết quả đánh giá hiệu quả tài chính thấp, tiềm ẩn nhiều yếu tố rủi ro, công tác dự báo còn hạn chế. Bổ nhiệm Giám đốc Ban quản lý dự án chưa chưa tuân thủ quy định.

Kết quả sản xuất kinh doanh của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đạm Ninh Bình liên tục lỗ từ năm 2012 đến năm 2015.

Chủ đầu tư cũng đã cấp than cho nhà thầu phục vụ chạy thử vượt so với Hợp đồng EPC. Qua nhiều lần đàm phán Chủ đầu tư và Nhà thầu vẫn chưa thống nhất được giá trị và trách nhiệm của mỗi bên đối với lượng than chạy thử cấp vượt. Hợp đồng EPC còn có điểm bất lợi cho Chủ đầu tư về trách nhiệm của Nhà thầu khi vượt lượng than chạy thử. Đây là một trong số các nguyên nhân của việc chưa quyết toán được Hợp đồng EPC.

Tại dự án này, nhà thầu EPC thi công chậm tiến độ so với Hợp đồng đã ký là 420 ngày. Do thời gian thi công chậm 420 ngày nên phát sinh chi phí, riêng số tiền lãi vay đã trả trong thời gian Hợp đồng EPC bị kéo dài là 527 tỷ đồng. Đến nay Chủ đầu tư và Nhà thầu đã tiến hành đàm phán qua nhiều phiên nhưng việc xác định giá trị phạt chậm tiến độ theo quy định của Hợp đồng EPC chưa được hai bên thống nhất.

 Chủ đầu tư cũng nhận bàn giao tạm thời nguyên trạng nhà máy từ Nhà thầu khi các thông số kỹ thuật chưa đạt theo Báo cáo nghiên cứu khả thi của dự án và Hợp đồng EPC đã ký. Dây chuyền thiết bị hoạt động chưa ổn định, số ngày chạy máy và công suất không đạt theo Báo cáo nghiên cứu khả thi được phê duyệt.

 Đến thời điểm hiện tại, sau hơn 4 năm vận hành thương mại nhưng Chủ đầu tư và Nhà thầu chưa tiến hành ký nghiệm thu bàn giao Dự án chính thức và vẫn đang trong quá trình tiếp tục đàm phán để xử lý các tồn tại của Dự án. Chủ đầu tư và Nhà thầu vẫn chưa thống nhất được trách nhiệm của mỗi bên đối với những vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng nên Dự án chưa được quyết toán.

 Nhà máy đi vào sản xuất từ năm 2012, tuy nhiên còn tồn tại một số nội dung thuộc Hợp đồng EPC chưa được khắc phục hoàn thiện phải loại trừ khỏi quyết toán Hợp đồng EPC đối với các công việc về xây dựng, cơ khí, điện, đo lường, sửa chữa, giá trị bồi thường các thông số không đạt giá trị đảm bảo và công việc không được nghiệm thu với tổng số tiền 2 triệu USD và 114 tỷ đồng. 

 Về trách nhiệm của chủ đầu tư, Kết luận thanh tra cũng nêu rõ Tập đoàn Hóa chất Việt Nam và Ban quản lý dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình và Công ty TNHH MTV Đạm Ninh Bình chưa kịp thời xử lý những thay đổi phát sinh, còn một số thiếu sót trong chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc, giám sát việc thực hiện Dự án.

Kết quả sản xuất kinh doanh của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đạm Ninh Bình liên tục lỗ từ năm 2012 đến năm 2015. Theo Báo cáo nghiên cứu khả thi lỗ kế hoạch được đặt ra trong 3 năm đầu là 47.910.220 USD tương đương với 1.025 tỷ đồng (quy đổi theo tỷ giá ngày 31/12/2014).

Trên thực tế, tổng lỗ lũy kế từ khi Nhà máy đi vào sản xuất năm 2012 đến ngày 31/12/2014 theo báo cáo tài chính ghi nhận là 1.719 tỷ đồng, vượt so với số lỗ kế hoạch là 694 tỷ đồng.

Cũng theo Báo cáo nghiên cứu khả thi, từ năm thứ 4 trở đi nhà máy sẽ có lãi nhưng thực tế năm 2015 (năm thứ 4) Công ty lỗ 364 tỷ đồng. Như vậy, đến thời điểm hiện tại, Dự án không có hiệu quả về kinh tế, dẫn đến tình trạng tạm dừng sản xuất, người lao động thực hiện nghỉ luân phiên, không đảm bảo hiệu quả về mặt xã hội. 

Bộ Công Thương cũng đã yêu cầu Tập đoàn Hóa chất Việt Nam, Ban quản lý dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình và Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đạm Ninh Bình kiểm điểm làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến những sai phạm, khuyết điểm; xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật. Bộ đã giao các đơn vị chức năng của Bộ đề xuất giải pháp khắc phục khó khăn, ổn định sản xuất của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Đạm Ninh Bình, không để thất thoát tài sản của Nhà nước, đảm bảo quyền lợi của người lao động; đôn đốc, giám sát việc thực hiện Kết luận thanh tra.