Theo Nghị định số 31/2016/NĐ-CP của Chính phủ, đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật, tổ chức, cá nhân phải chịu một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền.

Cụ thể, mức phạt tiền tối đa trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với cá nhân là 50 triệu đồng, đối với tổ chức là 100 triệu đồng.

Tùy theo mỗi hành vi vi phạm, Nghị định quy định mức phạt khác nhau. Về hành vi vi phạm quy định về sản xuất thuốc bảo vệ thực vật, Nghị định quy định mức phạt tiền từ 5-50 triệu đồng. Cụ thể, Nghị định quy định phạt tiền từ 5-10 triệu đồng đối với hành vi không duy trì đầy đủ các điều kiện về sản xuất thuốc bảo vệ thực vật trong quá trình hoạt động sản xuất; sản xuất thuốc không đúng với nội dung ghi trong Giấy chứng nhận đủ điều kiện sản xuất thuốc bảo vệ thực vật đã được cấp... Phạt tiền từ 40-50 triệu đồng đối với hành vi vi phạm sản xuất thuốc bảo vệ thực vật trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng tại Việt Nam có khối lượng từ 50 kg (hoặc 50 lít) đến 100 kg (hoặc 100 lít) thuốc thành phẩm.

Nghị định cũng quy định vi phạm về sử dụng thuốc bảo vệ thực vật với mức phạt tối đa từ 3-5 triệu đồng áp dụng đối với hành vi vi phạm sử dụng thuốc bảo vệ thực vật trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng tại Việt Nam.

Nghị định quy định, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm còn có thể bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung như tước quyền sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề có thời hạn; đình chỉ hoạt động có thời hạn; tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật.

Ngoài các biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Điểm a, c, d, đ, e, g, h, i Khoản 1 Điều 28 Luật Xử lý vi phạm hành chính, Nghị định này quy định các biện pháp khắc phục hậu quả như buộc chuyển đổi mục đích sử dụng giống cây trồng; buộc thực hiện gắn mã hiệu cho nguồn giống; buộc trả thù lao cho tác giả giống cây trồng theo quy định; buộc xử lý triệt để vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật bị nhiễm đối với tượng kiểm dịch; buộc thay nhãn theo quy định...