Theo trình bày của Bộ Công thương, Dự thảo Luật quy định chi tiêt các biện pháp hạn chế bao gồm hạn chế về số lượng, thương nhân và cửa khẩu với nguyên tắc xác định loại hàng hóa, biện pháp này bao gồm thực hịện chế độ hạn ngạch, hạn ngạch thuế quan, cửa khẩu xuất khẩu, nhập khẩu, chỉ định thương nhân xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.

Ủy ban Kinh tế Quốc hội yêu cầu Luật Quản lý Ngoại thương khi xác định lượng hạn ngạch thuế quan, phương thức điều hành đối với hàng hóa áp dụng hạn ngạch thuế quan phải bảo đảm yêu cầu công khai, minh bạch, khoa học, hợp lý.

Cụ thể, đối với biện pháp hạn ngạch thuế quan. Đây là biện pháp Việt Nam đã cam kết khi gia nhập WTO theo đó có 04 mặt hàng sẽ được Việt Nam duy trì cơ chế hạn ngạch thuế quan bao gồm trứng gia cầm, muối, đường, lá thuốc lá. Ngoài ra, Việt Nam còn áp dụng trong trường hợp có ưu đãi đặc biệt đối với một số đối tác thương mại đặc biệt như Lào, Campuchia hoặc theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.

Biện pháp hạn ngạch chỉ áp dụng hạn ngạch nhập khẩu trong các trường hợp : áp dụng biện pháp hạn chế xuất khẩu tự nguyện (VERs); áp đặt nhưng phải tham vấn về đền bù với đối tác bị thiệt hại; theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.

Đối với biện pháp chỉ định thương nhân nhập khẩu, xuất khẩu. Đây là biện pháp Việt Nam đã cam kết khi gia nhập WTO theo đó biện pháp này chỉ áp dụng trong trường hợp doanh nghiệp thương mại nhà nước đối với một số mặt hàng như thuốc lá điếu, xuất bản phẩm...được cam kết tại Bảng 5 Đoạn 72 Báo cáo Ban Công tác gia nhập WTO của Việt Nam.

Về biện pháp quản lý cửa khẩu xuất khẩu, nhập khẩu. Đây là biện pháp khi được áp dụng với mục đích rõ ràng về chống gian lận thương mại, đáp ứng năng lực kỹ thuật kiểm tra, giám sát, không phân biệt đối xử là phù hợp với các nguyên tắc của pháp luật Việt Nam và quốc tế.

Báo cáo thẩm tra của Ủy Ban kinh tế ngay sau đó đã cho rằng quy định nguyên tắc, cơ chế áp dụng hạn ngạch trong dự án Luật còn chưa cụ thể và đề nghị cần quy định rõ căn cứ, nguyên tắc áp dụng để Bộ trưởng Bộ Công Thương và các bộ, ngành có cơ sở quyết định lượng hạn ngạch, phương thức giao hạn ngạch đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; xác định lượng hạn ngạch thuế quan, phương thức điều hành đối với hàng hóa áp dụng hạn ngạch thuế quan bảo đảm yêu cầu công khai, minh bạch, khoa học, hợp lý.