Đề án nhằm thúc đẩy sự phát triển bền vững, đúng bản chất các HTX, liên hiệp HTX tại vùng đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt là HTX nông nghiệp; giúp hộ nông dân khắc phục cơ bản thua thiệt của nông dân trên thị trường, gia tăng lợi ích cho số đông nông dân thông qua liên kết hữu cơ trong chuỗi giá trị nông sản nhằm tăng cường sức mạnh tập thể của các thành viên, từ đó cải thiện đời sống kinh tế, văn hoá, xã hội, nâng cao tinh thần hợp tác của cộng đồng lớn thành viên nông dân và dân cư địa phương.

Theo đó, tập trung thí điểm hoàn thiện mô hình HTX, liên hiệp HTX với các thành viên là hợp tác xã thành viên và các hộ nông dân sản xuất 3 sản phẩm chính là: Lúa gạo, thủy sản và trái cây; thời gian triển khai thực hiện từ năm 2016 đến năm 2020.

Cách thức thí điểm hoàn thiện mô hình là từng bước, gối đầu nhau, xuất phát trước hết từ thí điểm hoàn thiện mô hình HTX  lúa gạo, trái cây, thủy sản, sau đó đến mô hình liên hiệp HTX  lúa gạo, mô hình liên hiệp HTX  trái cây, mô hình liên hiệp HTX thủy sản.

Đối với mỗi loại hình mô hình thí điểm cần thực hiện cách đi theo 3 giai đoạn: 1- Từ năm 2016 đến năm 2017, thí điểm hoàn thiện mô hình HTX; 2- Từ năm 2017 trở đi,  thí điểm hoàn thiện mô hình liên hiệp HTX  lúa gạo quy mô tỉnh; 3- Từ năm 2018 đến 2020, thí điểm hoàn thiện mô hình liên hiệp HTX  lúa gạo, trái cây, thủy sản quy mô vùng.

Trong đó, giai đoạn 1, ưu tiên củng cố, tổ chức lại hoạt động của các HTX  nông nghiệp hiện có phù hợp với Luật Hợp tác xã năm 2012 trong toàn vùng đồng bằng sông Cửu Long, đồng thời vận động kết nạp thêm thành viên và tăng vốn góp của các thành viên; khuyến khích thành lập mới các HTX lúa gạo, trái cây và thủy sản.

Trong tổng số HTX được tổ chức lại và củng cố theo Luật Hợp tác xã năm 2012 và các HTX mới được thành lập, tuỳ điều kiện của địa phương, mỗi tỉnh lựa chọn số lượng thích hợp HTX lúa gạo, trái cây và HTX  nuôi trồng thủy sản để làm mô hình thí điểm, thành viên của liên hiệp HTX dự định thành lập.

Ưu tiên thí điểm các HTX, liên hiệp HTX  tham gia các chuỗi giá trị nông sản; các tỉnh đã có liên hiệp HTX  thì có thể lựa chọn liên hiệp HTX cùng các hợp tác xã thành viên làm thí điểm hoàn thiện.

Sau 2 năm hoạt động kể từ khi hoàn thành việc xây dựng mô hình thí điểm, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cùng Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Ban Chỉ đạo Tây Nam Bộ và các Bộ, ngành, cơ quan liên quan, các địa phương trong vùng đồng bằng sông Cửu Long sơ kết, đánh giá và rút kinh nghiệm, đồng thời xây dựng phương án nhân rộng mô hình trong phạm vi toàn vùng và trong cả nước.