Kiểm toán Nhà nước đánh giá, một số đơn vị chậm thoái vốn ra khỏi lĩnh vực bất động sản, ngân hàng, chứng khoán theo quy định tại Điều 21 Nghị định số 91/2015/NĐ-CP ngày 13/10/2015 của Chính phủ, đặc biệt các Tổng công ty, doanh nghiệp Nhà nước của TP.HCM đều đang tạm dừng công tác cổ phần hóa, thoái vốn.

SCIC mới thực hiện bán vốn được 41/114 doanh nghiệp, không đạt kế hoạch đề ra.

4 đơn vị chưa xây dựng Đề án tái cơ cấu doanh nghiệp giai đoạn 2016-2020 theo Quyết định 707/QĐ-TTg ngày 25/5/2017 của Thủ tướng Chính phủ là Sawaco, Resco, Sagri và Tổng công ty Văn hóa Sài Gòn.

Cùng với đó, một số doanh nghiệp chưa kịp thời nộp tiền thu từ cổ phần hóa như Công ty mẹ - Tổng công ty Thanh Lễ với tiền thu từ cổ phần hóa là 1.675 tỷ đồng, lãi phát sinh 71 tỷ đồng, công ty mẹ - Tổng công ty Thép Việt Nam với tiền thu từ cổ phần hóa phải nộp 399 tỷ đồng, Tổng công ty Becamex với Quỹ Hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp phải nộp 266 tỷ đồng, tiền cổ phần hóa 493 tỷ đồng,...

Kiểm toán Nhà nước cũng đưa ra trường hợp các doanh nghiệp đã hoạt động theo mô hình công ty cổ phần nhiều năm nhưng chưa hoàn thành việc quyết toán bàn giao vốn, trong đó, một phần nguyên nhân là những khó khăn, vướng mắc trong việc xác định giá trị quyền sử dụng đất, phê duyệt và thực hiện phương án sử dụng đất sau cổ phần hóa.

Ví dụ như Satra- Công ty xuất nhập khẩu Tổng hợp và Đầu tư TP. Hồ Chí Minh, Công ty Kinh doanh Thủy hải sản, Công ty TNHH MTV Satra Tiền Giang, Công ty TNHH MTV Satra Tây Nam, Công ty Vissan; Công ty mẹ - Viglacera, Công ty mẹ - Tổng công ty Thép Việt Nam,... 

Cũng theo Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước về quản lý và sử dụng đất đai, diện tích, số lượng cơ sở đất mà các Tập đoàn, Tổng công ty và doanh nghiệp Nhà nước được giao rất lớn song chưa được bản thân doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý chặt chẽ, nhiều diện tích đất chưa sử dụng (hơn 340 hecta liên quan đến Tổng công ty Khánh Việt PVFCCo, Sawaco,VNPT, VNPost, Samco,…).

Một số đơn vị sử dụng không hiệu quả như Công ty mẹ - Satra với 02 khu đất đã được UBND TP.HCM chấp thuận chủ trương đầu tư từ nhiều năm trước nhưng chậm triển khai thực hiện, Becamex với 1.370,35 hecta đất thương phẩm chưa cho thuê, Dự án Trung tâm thương mại The Green River hiện đang tạm dừng đầu tư do mật độ dân cư hiện nay thấp, Viglacera với 353,7 hecta đã giải phóng xong mặt bằng nhưng chưa cho thuê được.

Về quản lý hoạt động đầu tư xây dựng, một số dự án điều chỉnh tổng mức đầu tư với giá trị lớn như Dự án Thủy điện Huội Quảng đã được điều chỉnh tăng 5.768 tỷ đồng (từ 9.788 tỷ đồng lên 15.556 tỷ đồng), dự án Nhà máy nhiệt điện Duyên Hải 3 điều chỉnh tăng 8.798 tỷ đồng (từ 28.463 tỷ đồng lên 37.261 tỷ đồng), dự án xây dựng công trình trên ô đất A14 Dự án xây dựng khu tái định cư Nam Trung Yên phần Xây dựng nhà ở và HTXH thiết yếu – Giai đoạn 1 đã điều chỉnh 03 lần (tăng 1.494 tỷ đồng)…

Việc bố trí vốn đối ứng của các dự án chưa đảm bảo tính chất dài hạn và ổn định của nguồn vốn theo dòng đời như Dự án Nhà máy nhiệt điện Duyên Hải 3 khi thu xếp vốn đối ứng 2.966 tỷ đồng từ nguồn tạm ứng, vốn khác của EVN chưa đảm bảo tính chất dài hạn và ổn định của nguồn vốn theo dòng đời của Dự án, vay ngắn hạn Agribank để thanh toán thuế giá trị gia tăng nhập khẩu của hợp đồng EPC và hoàn trả bằng vốn đối ứng dẫn tới phát sinh 8,99 tỷ đồng trả lãi phát sinh của khoản vay.

Dự án Hệ thống cấp nước Nhơn Trạch giai đoạn I có chi phí tư vấn nhà thầu nước ngoài cao hơn định mức của Bộ Xây dựng (cao hơn 7 lần). Dự án nhà máy nhiệt điện Vĩnh Tân 4 và Nhà máy nhiệt điện Duyên Hải 3 chưa có giấy phép xả thải vào nguồn nước hoặc chưa được phê duyệt đề án xử lý và tiêu thụ tro xỉ trong khi dự án đã vận hành thương mại.

Đặc biệt, một số dự án của PVN đang gặp khó khăn trong việc huy động vốn, có nguy cơ không đảm bảo cơ cấu vốn được phê duyệt, hoặc tiềm ẩn rủi ro phát sinh chi phí, giảm hiệu quả đầu tư. Nhiều dự án nghiệm thu, thanh toán, quyết toán còn sai sót về khối lượng, đơn giá và chưa đầy đủ thủ tục nên Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị thu hồi, giảm thanh toán 210 tỷ đồng, xử lý tài chính khác 5.681 tỷ đồng.