Những thống kê ban đầu được ghi nhận tới thời điểm này cho thấy, số thuế mà các doanh nghiệp xe máy nội địa nói trên nợ ngân sách lên tới khoảng 400 tỷ đồng. Tuy nhiên, điều đau đầu nhất với các cơ quan thuế là không dễ truy thu được các khoản thuế nói trên.

	Tình cảnh của doanh nghiệp xe máy nội trái ngược với thành công vang dội của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài

Đơn cử, Công ty Vungtau Shinhanco có khoản thuế nội địa hoá được ghi nhận là gần 163 tỷ đồng, nhưng cơ hội để thu được khoản thuế này vô cùng khó khăn.

Theo thông tin của Báo Đầu tư, năm 2000, Vungtau Shinhanco đã quyết toán tỷ lệ nội địa hoá, năm 2001 cũng đã quyết toán xong, nhưng chưa điều chỉnh, thì cơ quan thực thi pháp luật đã giữ toàn bộ hồ sơ. Còn năm 2002, doanh nghiệp cũng không thể nộp báo cáo quyết toán thuế làm cơ sở quyết toán tỷ lệ nội địa hoá để điều chỉnh do hồ sơ vẫn bị giữ. Tới năm 2007, doanh nghiệp này đã làm thủ tục giải thể doanh nghiệp theo quyết định của Chủ tịch UBND tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu.

Điều này đồng nghĩa với việc khó có thể làm rõ ràng số nợ thuế và thu hồi cho ngân sách nhà nước. Hiện các cơ quan thuế địa phương đang đề nghị Bộ Tài chính xử lý dứt điểm khoản nợ thuế này theo hướng xoá nợ.

Một trường hợp nợ thuế nội địa hoá xe máy năm 2001 khác, nhưng cũng đã kịp giải thể từ năm 2007 là Công ty TNHH Cơ khí tổng hợp Tây Đô (thuộc Bộ Chỉ huy Quân sự TP. Cần Thơ).

Năm 2001, doanh nghiệp này nhập khẩu 19.800 bộ linh kiện xe máy theo tỷ lệ nội địa hoá. Theo tính toán của các cơ quan thuế địa phương, số tiền thuế tạm tính truy thu thuế nhập khẩu theo mức 60% lên tới hơn 18,7 tỷ đồng.

Mặc dù số tiền này liên tục được cơ quan thuế địa phương đôn đốc doanh nghiệp hoàn chỉnh hồ sơ để hoàn tất quyết toán thuế, nhưng kết quả vẫn là con số không. Tới tháng 5/2013, khi cơ quan thuế làm việc trực tiếp với Bộ Chỉ huy Quân sự TP. Cần Thơ thì được biết, doanh nghiệp đã được giải thể từ tháng 8/2007.

Trường hợp Công ty TNHH một thành viên Bắc Sơn với số nợ thuế theo tỷ lệ nội địa hoá khoảng 500 triệu đồng, thì dù đang hoạt động bình thường, nhưng doanh nghiệp vẫn chây lỳ không nộp. Giám đốc doanh nghiệp này cũng đã bị bắt từ chục năm nay, với các sai phạm được xác định là xác nhận công suất theo tỷ lệ nội địa hoá sai trên 80% năng lực thật; lập chi nhánh không đầu tư vốn mà để bán chỉ tiêu nhập khẩu; không có sản xuất thực theo giấy phép, mà chỉ nhập linh kiện và bằng nhiều cách, nhằm chiếm đoạt hàng trăm tỷ đồng tiền thuế.

Đáng nói là, Công ty TNHH một thành viên Bắc Sơn cũng đã bị Ngân hàng Công thương Việt Nam phát mại tài sản thế chấp để đòi nợ 20 tỷ đồng cho vay, nhưng không thanh toán nợ cho ngân sách nhà nước.

Tình trạng nợ thuế nội địa hoá của các doanh nghiệp xe máy nội địa nói trên hay việc chỉ còn vài doanh nghiệp xe máy đang hoạt động trong tổng số hơn 50 doanh nghiệp nội địa làm xe máy được xem là kết cục buồn cho một ngành công nghiệp. Đáng nói là, trong khi các doanh nghiệp xe máy nội địa dần rơi rụng, thì các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài lại gặt hái thành công vang dội trên thị trường xe máy Việt Nam.

Thanh Hương